- 博客(2)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 利用GEMMA进行混合线性模型MLM的GWAS分析，以及数据的格式整理 遗传力预估
GEMMA是一个在生信学习过程中必不可少的软件，它拥有很多强大便捷的功能，今天我们来利用GEMMA计算混合线性模型，以寻找显著snp位点进行GWAS分析。下载后正常解压即可使用在GEMMA中，表型数据有不止一种的导入方式，可以自行建立list文件，将样本名和数值放在同一行，利用空格隔开，也可以在fam文件中导入。每种方式对应的后续引用命令不同，由于我建立列表总是识别出错，所以在这里我使用第二种方法。
2024-05-11 12:12:06
1365
6
原创 基于tassel的混合线性模型计算流程
其中“--chr-set ”为染色体条数多于23条时，自主设置染色体条数用，因为plink是为人类染色体设计，所以默认为23条，在未添加此参数时，识别23条以上染色体时会出错，这里我研究的样本是24条染色体的，故设置为24，下同。在Open As中选择“plink”格式，打开之前生成的map与ped文件，即经过质控过滤的基因型文件。选择计算kinship得出的文件与刚才三合一的文件，计算MLM模型。按ctrl选中表型文件，基因型文件，pca计算文件合并。选择基因型文件，计算kinship。
2023-10-22 12:40:06
189
1
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人