基于tassel的混合线性模型计算流程

【准备工作】

准备软件——plink1.9，admixture32，tassel

准备源文件——vcf格式文件，表型数据文件

表型数据文件格式

【plink质控与筛选】

plink质控过滤

plink --vcf ABC.vcf -maf 0.05 --geno 0.1 --recode vcf-iid -const-fid --out ABC.filter --chr-set 24

其中“--chr-set ”为染色体条数多于23条时，自主设置染色体条数用，因为plink是为人类染色体设计，所以默认为23条，在未添加此参数时，识别23条以上染色体时会出错，这里我研究的样本是24条染色体的，故设置为24，下同。

plink LD筛选

plink  --vcf G.filter.vcf --indep-pairwise 50 10 0.2 --out G2 --chr-set 24

plink 筛选结果提取

plink --vcf G.filter.vcf --const-fid --make-bed --extract G2.prune.in --chr-set 24 --out G3.in

plink 转换成admixture格式

plink --bfile G3.in --recode 12 --chr-set 24 --out G4.in

  得到map和ped文件，进入下一步。

【tassel计算混合线性模型】

 在Open As中选择“plink”格式，打开之前生成的map与ped文件，即经过质控过滤的基因型文件。

选择此项，进行pca分析。

导入表型文件

按ctrl选中表型文件，基因型文件，pca计算文件合并。

选择基因型文件，计算kinship。

选择计算kinship得出的文件与刚才三合一的文件，计算MLM模型

这里可以所选择的样本数据大小来选择压缩等级和不同的分析方法。

在计算完毕后，选择mlm混合线性模型，即可Results中选择生成不同的图片