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原创 基于VMD的分子动力学建模(2)
TIP3P水模型→TIP3P/Fs水模型,即修改电荷量,最好再检查一下分子ID,一个水分子里面有3个原子,这三个原子的分子ID一致。1、用atom打开脚本“script_to_build_h2o”,修改x、y、z的取值范围尺寸。2、在VMD内实用source命令,运行并读取脚本“script_to_build_h2o”4、可视化“魔法一下”,觉得合适再回步骤3修改电荷量,修改水分子模型。3、打开生成的lammps文件,改边界盒子的尺寸,拖拉进ovito。
2024-04-28 14:07:23
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原创 基于VMD的分子动力学建模(1)
5、读取并MD执行tcl脚本-source,会在文件中输出lammps文件(这是建立的CNT碳纳米管)6、打开lammps文件,修改原子信息。把分子ID全部是设置为“1”3、cd打开文件夹cases-silicom_nitridde。“ctrl+F”查找,正则表达式用.*替换字符,注意空格问题。1、打开VMD-Extension——Tk Console。2、pwd查看当前路径。4、列出所有文件-ls。
2024-04-28 11:12:10
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原创 关于zotero在word中插入文献
若没有样式,则先在zotero提前新建,再点击“document preferences”。点击“编辑”-“首选项”-“引用”,可以“获取更多样式”或“样式预览”若想修改文献样式,点击“document preferences”点击第一个,插入文献。两种插入方式“搜索”&“寻找”点击第二个,更新参考文献目录。
2024-04-10 16:02:11
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空空如也
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