基于VMD的分子动力学建模（2）

已于 2024-04-28 14:13:25 修改
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分类专栏： 计算生物学 分子动力学 文章标签： linux
于 2024-04-28 14:07:23 首次发布
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版权

1、用atom打开脚本“script_to_build_h2o”，修改x、y、z的取值范围尺寸

2、在VMD内实用source命令，运行并读取脚本“script_to_build_h2o”

3、打开生成的lammps文件，改边界盒子的尺寸，拖拉进ovito

4、可视化“魔法一下”，觉得合适再回步骤3修改电荷量，修改水分子模型

TIP3P水模型→TIP3P/Fs水模型，即修改电荷量，最好再检查一下分子ID，一个水分子里面有3个原子，这三个原子的分子ID一致。

→

澄毕业
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