U6 生物发生样 1 通过影响 U6 snRNA 的 3‘ 末端加工，在玉米籽粒和幼苗发育中发挥重要作用

摘要：

在生物体的发育过程中，转录后水平的基因表达调控具有至关重要的作用。本文对一个玉米基因 U6 biogenesis-like 1 (UBL1) 进行了特征分析，该基因通过影响前体信使 RNA 的剪接，在籽粒和幼苗发育中发挥重要作用。从一个突变体（Mutator）标记的种群中分离出的 ubl1 突变体表现出小籽粒和弱幼苗的表型。通过转基因互补和三个独立的突变等位基因确认，UBL1 编码一种属于 2H 磷酸二酯酶超家族的假定 RNA 外切酶，是 ubl1 表型的致因基因。我们证明了 UBL1 在体外具有 RNA 外切酶活性，并发现 ubl1 中 UBL1 功能的丧失导致小核糖核酸 U6 的水平降低和异常的 3’ 端组成，从而导致信使 RNA 的剪接缺陷。通过体外和体内研究，我们将两个组氨酸替换为丙氨酸，替换在 H-X-T/S-X（X 是疏水残基）基序中，证明了这两个基序对于 UBL1 的正常功能至关重要。我们进一步表明，UBL1 的功能可能在较广泛的系统发育距离上是保守的，因为玉米 UBL1 的异源表达能够互补拟南芥 ubl1 突变体。

前言

随着对食品、饲料、能源以及其他工业应用需求的不断增加，玉米籽粒发育受到了广泛关注。据估计，大约有300个玉米基因决定了可见胚乳表型（Neuffer和Sheridan，1980）。由于突变体的构建和分析（Sheridan和Neuffer，1980；Clark和Sheridan，1991；May等，2003；McCarty等，2005），在过去几十年中，许多对玉米籽粒发育至关重要的基因已被鉴定，包括影响胚乳中淀粉和蛋白质积累的基因（Bhave等，1990；Preiss等，1990；James等，1995；Gao等，1998；Shannon等，1998；Myers等，2011；Wang等，2011，2012）、促进胚胎发育的基因（Ma和Dooner，2004；Magnard等，2004；Sosso等，2012；Shen等，2013）、维持基底胚乳传递层（BETL）结构的基因（Cheng等，1996；Maitz等，2000；Costa等，2003；Gutierrez-Marcos等，2006，2007；Gomez等，2009；Kang等，2009）以及调节糊粉层细胞层发育的基因（Lid等，2002；Shen等，2003；Yi等，2011）。
近期的研究揭示了转录后水平的基因表达调控在种子发育中发挥着重要作用。Emp5 和 Smk1 被认为通过线粒体基因的RNA编辑在转录后水平调控种子发育（Liu et al., 2013; Li et al., 2014）。GFA1参与前体信使RNA剪接，对拟南芥的雌配子体发生和胚胎发育至关重要（Liu et al., 2009a）。玉米基因Zmsmu2编码一个假定的剪接体RNA剪接因子，其功能缺失会导致胚乳发育过程中蛋白质合成和RNA处理异常，最终导致籽粒发育缺陷（Chung et al., 2007）。
在这里，我们报告了 ubl1 的分子和遗传特征，这是一个影响玉米籽粒和幼苗发育的隐性突变体。ubl1 突变被鉴定为在 UBL1 基因的第一个内含子中的 Mu9 插入。进一步的分析表明，UBL1 编码一种属于 2H 磷酸二酯酶超家族的 RNA 外切酶。UBL1 功能的丧失显著影响了小核 RNA（snRNA）U6 的水平和组成，导致 ubl1 突变体中 mRNA 剪接出现缺陷。