2024年基于conda环境下的宏基因组学分析利器MetaWRAP 1(2)，2024年最新源码解析

网上学习资料一大堆，但如果学到的知识不成体系，遇到问题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。

需要这份系统化的资料的朋友，可以点击这里获取！

一个人可以走的很快，但一群人才能走的更远！不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人，都欢迎加入我们的的圈子（技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导），让我们一起学习成长！

mamba config --add channels conda-forge
mamba config --add channels bioconda
mamba config --add channels ursky

安装的时候注意了，直接将所有channel都放上，不然缺包错误：

mamba create -y --name metawrap132 -c ursky -c bioconda -c conda-forge metawrap-mg=1.3.2

安装完最后的提示：


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/9d982835bbc14a7cbc76d312ac083f12.png)


查看安装结果，主要看其中metawrap-mg的版本，这里是1.3.2，来自ursky：

mamba list

![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/253b045f6e0540deb5c69bdb8d7d6484.png)


## 配置建议数据库


这里是各个数据库，数据库大小，以及各个模块可能使用到的数据库，按实际需求配置，如果没有配置对应数据库，则需要在后续模块中指定或着忽略对应参数：


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/f2d030a487c5463cbef8231b204df3b7.png)


### taxonomy数据库：

先删除原配置文件夹

rm -rf /miniconda3/envs/metawrap132/opt/krona/taxonomy

自己创建指定文件夹

mkdir /path/on/big/disk/taxonomy

创建软链接

ln -s /path/on/big/disk/taxonomy /miniconda3/envs/metawrap132/opt/krona/taxonomy

自动下载更新数据库，会自动下载到自己指定的文件夹

ktUpdateTaxonomy.sh

直接查看ktUpdateTaxonomy.sh文件内容，直接下载来自ncbi数据库：


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/8b86a501c2a74688a802897bd11594c3.png)


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/6d6deb9541f04e1eae191b7fef77405e.png)


下载解压完成后，在目标目录生成一个taxonomy.tab的文件：

head taxonomy.tab
1 0 1 no rank root
2 2 131567 superkingdom Bacteria
6 7 335928 genus Azorhizobium
7 8 6 species Azorhizobium caulinodans
9 8 32199 species Buchnera aphidicola
10 7 1706371 genus Cellvibrio
11 9 1707 species Cellulomonas gilvus
13 7 203488 genus Dictyoglomus
14 8 13 species Dictyoglomus thermophilum
16 7 32011 genus Methylophilus

### GRIDSS\SILVA 16S rRNA\BUSCO数据库

quast-download-gridss
quast-download-silva
quast-download-busco

下载后位于目录：


/miniconda3/envs/metawrap/lib/python2.7/site-packages/quast\_libs/


下载日志：


envs/metawrap/lib/python2.7/site-packages/quast\_libs/silva/blastdb.log


中间几个数据库下载不下来，更换链接吧，应该是版本变了，地址不对：


busco的数据目录：[Index of /v5/data/lineages/]( )


busco的官网：[BUSCO - from QC to gene prediction and phylogenomics]( ) 


需要下载的文件： 


[https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/fungi\_odb10.2021-06-28.tar.gz]( )


[https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/eukaryota\_odb10.2020-09-10.tar.gz]( )


 [https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/bacteria\_odb10.2020-03-06.tar.gz]( )

cd miniconda3/envs/metawrap132/lib/python2.7/site-packages/quast_libs/busco/

mv fungi_odb10.2021-06-28.tar.gz fungi.tar.gz
mv bacteria_odb10.2020-03-06.tar.gz bacteria.tar.gz
mv eukaryota_odb10.2020-09-10.tar.gz eukaryota.tar.gz

后面启动quast程序时应该就自动解压了。


为了做好运维面试路上的助攻手，特整理了上百道 **【运维技术栈面试题集锦】** ，让你面试不慌心不跳，高薪offer怀里抱！

这次整理的面试题，**小到shell、MySQL，大到K8s等云原生技术栈，不仅适合运维新人入行面试需要，还适用于想提升进阶跳槽加薪的运维朋友。**

![](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/d1456c5adcdf2027b1a0e498712559d7.png)

本份面试集锦涵盖了

*   **174 道运维工程师面试题**
*   **128道k8s面试题**
*   **108道shell脚本面试题**
*   **200道Linux面试题**
*   **51道docker面试题**
*   **35道Jenkis面试题**
*   **78道MongoDB面试题**
*   **17道ansible面试题**
*   **60道dubbo面试题**
*   **53道kafka面试**
*   **18道mysql面试题**
*   **40道nginx面试题**
*   **77道redis面试题**
*   **28道zookeeper**

**总计 1000+ 道面试题， 内容 又全含金量又高**

*   **174道运维工程师面试题**

> 1、什么是运维?

> 2、在工作中，运维人员经常需要跟运营人员打交道，请问运营人员是做什么工作的?

> 3、现在给你三百台服务器，你怎么对他们进行管理?

> 4、简述raid0 raid1raid5二种工作模式的工作原理及特点

> 5、LVS、Nginx、HAproxy有什么区别?工作中你怎么选择?

> 6、Squid、Varinsh和Nginx有什么区别，工作中你怎么选择?

> 7、Tomcat和Resin有什么区别，工作中你怎么选择?

> 8、什么是中间件?什么是jdk?

> 9、讲述一下Tomcat8005、8009、8080三个端口的含义？

> 10、什么叫CDN?

> 11、什么叫网站灰度发布?

> 12、简述DNS进行域名解析的过程?

> 13、RabbitMQ是什么东西?

> 14、讲一下Keepalived的工作原理?

> 15、讲述一下LVS三种模式的工作过程?

> 16、mysql的innodb如何定位锁问题，mysql如何减少主从复制延迟?

> 17、如何重置mysql root密码?

**网上学习资料一大堆，但如果学到的知识不成体系，遇到问题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。**

**[需要这份系统化的资料的朋友，可以点击这里获取！](https://bbs.csdn.net/topics/618542503)**

**一个人可以走的很快，但一群人才能走的更远！不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人，都欢迎加入我们的的圈子（技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导），让我们一起学习成长！**

题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。**

**[需要这份系统化的资料的朋友，可以点击这里获取！](https://bbs.csdn.net/topics/618542503)**

**一个人可以走的很快，但一群人才能走的更远！不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人，都欢迎加入我们的的圈子（技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导），让我们一起学习成长！**