基于Linkage mapper和Circuitscape构建生态廊道

工具介绍

Linkage Mapper 是一套专门用于生态连通性分析的地理信息系统（GIS）工具集，由美国大自然保护协会（The Nature Conservancy）开发。它能帮助生态学家、保护规划者和地理信息系统专业人员更好地理解和规划生态系统连通性，为生物多样性保护和生态系统管理提供有力支持。

Linkage Mapper 工具箱的 Linkage Pathways 工具是一个 GIS 工具，旨在支持区域野生动物生境连接性分析。它由几个 Python 脚本组成，被打包成 ArcGIS 工具箱，可自动绘制野生动物栖息地走廊图。

链接途径使用核心生境区域的矢量图和移动阻力的栅格图来识别和绘制核心区域之间成本最低的链接。阻力图中的每一个单元都有一个值，反映了移动到该单元的能量成本、难度或死亡风险。阻力值通常由单元特征决定，如土地覆盖或房屋密度，并结合特定物种的景观阻力模型。当动物远离特定的核心区域时，成本加权的距离分析会产生累积的总运动阻力图。

这些脚本使用 ArcGIS 和 Python 函数来确定相邻的（邻近的）核心区域，并在它们之间创建成本最低的走廊地图。然后，这些脚本将各个走廊地图归一化，并将其镶嵌在一起，以创建一个单一的复合走廊地图。结果显示了每个网格单元在提供核心区之间的连接方面的相对价值，使用户能够确定哪些路线遇到了更多或更少的促进或阻碍核心区之间移动的特征。

Circuitscape 是一款用于生态连通性分析的软件工具，它基于电路理论模拟物种在景观中的扩散和运动。将景观视为一个电路系统，不同的土地覆盖类型、地形等因素被赋予不同的电阻值，类似于电路中不同元件的电阻。物种在景观中的运动就像电流在电路中的流动，电流倾向于通过电阻小的路径，而物种倾向于在阻力小的区域移动，以此来分析生态连通性。

配置环境

下载linkage mapper工具和circuitscape工具。

linkage mapper

打开ArcCatalog，找到并打开toolbox。

    

右键单击ArcToolbox，选择添加工具箱

链接到下载好的linkage mapper的文件夹，找到toolbox中的linkage mapper.tbx添加进工具箱。

circuitscape

circuitscape在下载后需要运行安装包进行安装。

同理linkage mapper将其添加进工具箱。

数据准备

你需要有研究区生态源地的矢量文件，以及阻力面的栅格文件。

对于生态源地矢量文件，属性中需要包含一个带有每个源地编号的字段用于linkage mapper进行识别。

添加识别编号

方法：

1、将矢量文件添加进入ArcMap

         

2、右击文件打开属性表

3、添加字段并命名

4、右击新添加的字段选择字段计算器，添加[FID]+1即可

建立工作空间

将生态源地矢量文件和阻力面栅格文件放在同一个新建的文件夹中。注意，此文件夹不宜过深（最好小于等于两层），且路径中不可带有中文、数字、特殊符号等。

工具运行

最小成本法构建生态廊道

在ArcCatalog中打开toolbox，选择Linkage Mapper tools中linkage pathways tools中的build network and map linkages

project directory选择创建的包含矢量文件和栅格文件的工作空间文件夹。

core area feature class选择生态源地矢量文件。

core area field name选择添加好的识别编号（[FID]+1）。

resistance raster选择阻力面栅格文件。

Step1、2、3、保持默认即可（步骤2中模式选择可以参考帮助或官方手册）

Step4为限制映射到仅将每个核心区域连接到其最近邻居的走廊的数量。

您还可以通过编辑链接表文件手动保留和删除走廊（请参阅用户指南）。

Step5可以根据研究需要修改。

点击环境将并行处理设置为0（可以减少很多报错）

点击确定运行。具体运行时间取决于电脑算力和源地数量可达几分钟到十几小时不等。

电流理论构建生态廊道

打开Linkage Mapper tools中additional tools中的pinchpoint mapper工具

model inputs与上面设置类似。注意此工具需要先运行最小成本法构建好生态廊道并使用同一个工作空间文件夹。

根据需要选择（勾选第三个即可）

这里选择all-to-one方法相较pairs会快一些

点击确定即可

结果查看

运行完成后结果会保存在工作空间文件夹中的output文件夹中。

最小成本法构建的生态廊道在ArcMap中打开link_maps.gdb文件夹中的lcps结尾的文件即可查看。

电流理论绘制的在ArcMap中打开pinchpoints.gdb文件夹中的文件即可。