为胞类型和亚型提供简单而有效的途径是?

ATAC-seq是广泛用于识别基因组各处调控区域的方法。然而,在单细胞水平上进行的研究较少,因技术挑战。该研究发展了基于板式的单细胞ATAC-seq方法,将批量Tn5标记与单核排序相结合。通过初始在细胞群中进行Tn5标记,然后在单核分离方面做了突破。此方法展示了其在各系统中的鲁棒性,包括原代组织的新鲜和冻存细胞。通过对3000多脾细胞的分析,发现了不同的免疫细胞类型,并揭示了特异性调控区域和相关转录因子。通过实验验证了该方法,并与现有Fluidigm C1 scATAC-seq方法进行了比较,结果显示该板式方法具有更高的库复杂性、较低的线粒体DNA含量和更高的信噪比。文章进一步在小鼠脾细胞上测试了该方法的技术稳健性,并通过肌动蛋白K抑制FECD来评估其普适性。最终,研究传统细胞类型证明了该方法的有效性,并发现单个细胞库中的开放染色质区域,可以识别不同细胞类型,并揭示了细胞亚型之间的差异。该方法可为深入了解细胞类型和亚型提供简单而有效的途径。

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