dnbc4tools下载安装

1.Conda 环境创建和软件安装

下载代码

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

完成下载后进行安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装后进行初始化

conda init

然后关必界面重新打开验证是否安装成功

conda --version

如图表示安装成功

2 创建 Conda 环境

激活 Conda：conda

激活成功

创建名为 dnbc4tools 的新环境，并指定使用 Python 3.8 和 Perl：conda create -n dnbc4tools python=3.8 perl

conda create -n dnbc4tools python=3.8 perl

激活新创建的环境：conda activate dnbc4tools

创建成功

1.2 安装 dnbc4tools

使用 Conda 安装 htslib 和 samtools（版本均为 1.18），并从 bioconda 和 conda-forge 通道安装。

注意先添加通道

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

进行安装

conda install htslib=1.18 samtools=1.18

htslib=1.18没找到，可以通过conda list进行查找，因为hts是一个库可能不能直接查到。

安装成功

使用 pip 安装 dnbc4tools（版本为 2.1.2）。

pip install dnbc4tools==2.1.2

有时候会在这种情况下卡住，我们选择从官网下载dnbc4tools然后本地导入

下载完成后

cd /mnt/c/2345Downloads/导航到文件所在目录

tar -xzvf DNBC4tools-2.1.2.tar.gz    解压一下

安装依赖包，在官网上可以查到

polars-lts-cpu==0.20.2

scanpy[leiden]==1.9.8

pyranges

pyahocorasick==2.0.0

pysam

datatable==0.11.1

tarjan

pyarrow

scrublet

macs2==2.2.9.1

scikit-misc

plotly

然后安装python setup.py install（这是一种手动安装方式，因此需要自己找依赖包）

安装好之后查看

pip show dnbc4tools

这样我们在pip中查询到了就是安装好了

注意事项

最重要的一点

下载依赖包全程挂梯子！

下载依赖包全程挂梯子！

下载依赖包全程挂梯子!

重要的事情说三遍!

如果 annoy 包安装失败，可以尝试使用 conda install conda-forge::python-annoy 命令安装。

可以使用 YAML 文件来创建环境，通过以下命令下载 YAML 文件并创建环境：

bash

wget https://raw.githubusercontent.com/MGI-tech-bioinformatics/DNBelab_C_Series_HT_scRNA-analysis-software/version2.0/dnbc4tools.yaml

conda env create -f dnbc4tools.yaml -n dnbc4tools

2. 容器技术

Singularity

使用 Singularity 构建名为 dnbc4tools.sif 的 Singularity 容器，基于 Docker 镜像 dnbelabc4/dnbc4tools。

Docker

从 Docker Hub 拉取名为 dnbelabc4/dnbc4tools 的 Docker 镜像。

分析

Conda 环境：用于创建一个隔离的环境，其中包含特定版本的软件和依赖，确保软件的兼容性和可重复性。

软件安装：通过 Conda 和 pip 安装特定的生物信息学工具，如 dnbc4tools，htslib 和 samtools。

容器技术：

Singularity：允许在没有 Docker 守护进程的情况下运行 Docker 容器，适用于高性能计算环境。

Docker：一种广泛使用的容器技术，用于打包、分发和运行应用程序。

这些步骤和工具的选择表明，这是一个为生物信息学分析设置的工作环境，旨在确保软件的兼容性和可移植性。