R语言基础知识

R语言基础知识

一、R在医学科研与论文写作中的应用场景

使用R语言的原因：

完全开源、免费使用、绘图功能强大，但需要一定的R语言基础

相关书籍：《R语言实践》、《R语言同济入门》、《R语言使用教程》、《R语言与医学统计图册》

二、R语言的安装

R语言官方下载地址：https://www.r-project.org/

一般不会直接使用R软件，而是采用Rstudio进行操作。Rstudio官方下载地址：

https://www.rstudio.com/

备注：Rstudio安装后会自动匹配已安装过的R软件

三、工作空间

工作空间（workspace）就是当前R的工作环境，它存储着所有用户定义的对象（向量、矩阵、函数、数据框、列表）

setwd("d:/dxyclass/ch01") # change the path to one of your directories
options()
options(digits=3)
x <- runif(20)
summary(x)
hist(x)
savehistory()
save.image()

四、packages包

1. 包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。计算机上存储包的目录称为（library）。函数.libPaths()能够显示库所在的位置， 函数library()则可以显示库中有哪些包。
2. R自带了一系列默认包（包括base、 datasets、 utils、grDevices、 graphics、 stats以及methods），它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。其他包可通过下载来进行安装。安装好以后，它们必须被载入到会话中才能使用。命令search()可以告诉你哪些包已加载并可使用

1、包安装方法

使用命令 install.packages(“gclus”), 下载和安装包
➢ 使用命令 update.packages(), 更新已经安装的包
➢ 使用命令 installed.packages(), 列出已安装的包

或者，另一种用鼠标操作方法：

tools-install packages中输入要安装的包

2、包载入方法

要在R会话中使用包，还需要使用library()命令载入这个包。例如，要使用gclus包，执行命令library(gclus)即可。当然，在载入一个包之前必须已经安装了这个包。在一个会话中，包只需载入一次

help.start()
install.packages("vcd")
help(package="vcd")
library(vcd)
help(Arthritis)
Arthritis
example(Arthritis)

五、获取帮助

较为常用的方式是：

？？survival #指做生存分析的包
?CUXPH #指包中函数

六、R语言编程中的常见错误

1. 使用了错误的大小写。 help()、 Help() 和 HELP() 是三个不同的函数（只有第一个是正确的）
2. 忘记使用必要的引号。 install.packages(“gclus”) 能够正常执行，然而Install.packages(gclus)将会报错
3. 在函数调用时忘记使用括号。例如，要使用help()而非help。即使函数无需参数，仍需加上()
4. 在Windows上，路径名中使用了\。 R将反斜杠视为一个转义字符，setwd(“c:\mydata”)会报错。正确写法是setwd(“c:/mydata”)或setwd(“c:\mydata”)
5. 使用了一个尚未载入包中的函数。函数order.clusters()包含在包gclus中。如果
   还没有载入这个包就使用它，将会报错

七、R语言中数据集的创建

常见的数据结构有：向量、矩阵（同一属性）、数据框、列表、数组

1、标量与向量

标量是只含一个元素的向量，例如： f <- 3、 g <- “US” 和 h <- TRUE。它们用于保存常量。
向量是用于存储数值型、字符型或逻辑型数据的一维数组。执行组合功能的**函数c()**可用来创建向量

各类向量如下例所示：

a <- c(1, 2, 5, 3, 6, -2, 4)
b <- c("one", "two", "three")
c <- c(TRUE, TRUE, TRUE, FALSE, TRUE, FALSE)

#查看向量中的值
a <- c(1, 2, 5, 3, 6, -2, 4)
a[3]
a[c(1, 3, 5)]
a[2:6]                     

a <- c("k", "j", "h", "a", "c", "m")
a[3]
a[c(1, 3, 5)]
a[2:6]

2、矩阵

矩阵是一个二维数组，只是每个元素都拥有相同的模式（数值型、字符型或逻辑型），可通过函数 matrix()