医学图像数据预处理

.dicom文件

将dicom的voxel data转换为numpy 数组

[DICOM Processing and Segmentation in Python]

import pydicom  # 处理包
slice=pydicom.read_file(filename)  #  读取一个.dcm文件
image=slice.pixel_array  # 获取切片的voxel array
plt.imshow(image, cmap=plt.cm.gray)  # 显示切片

slice.SliceThickness  # slice的厚度
slice.PixelSpacing  # pixel的长宽

data paring, data loading

[dicom_data_pipeline : A production quality data pipeline for DICOM images segmentation]

data preprocessing, 输入到神经网络

[pytorch-dicom-classification]
预处理：将dicom文件夹转换成为png文件夹
制作Dataset, Dataloader