医学图像处理教程

参考医学图像处理教程系列：https://cloud.tencent.com/developer/article/1652244

医学图像处理软件包 SimpleITK
SimpleITK中的图像概念与计算机视觉中的图像差异是非常大的，后者是简单的多维矩阵，前者中图像是表示一种真实的物理实体，图像中的每一个像素都表示了是真实物理空间中的一个点，不仅仅有像素值，还有坐标，间距，方向等概念。

SimpleITK读取医学图像

1. 读取dicom序列文件，用ImageSeriesReader()

# read dicom series image
dicom_input_dir = "E:\Data\other\LIDC_nodul"

print("Reading Dicom directory:", dicom_input_dir)
reader = sitk.ImageSeriesReader()
dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dicom_input_dir)
reader.SetFileNames(dicom_names)
image = reader.Execute()

2 读取非dicom文件，用ReadImage

# read image
image = sitk.ReadImage("srcdicom.mha")

3 写成非dicom文件

# write dicom image
sitk.WriteImage(image, "srcdicom.mha")

4 SimpleITK图像数据转成Numpy矩阵数据，用GetArrayFromImage()函数，注意sitk图像大小顺序是x,y,z，而numpy矩阵的大小顺序是z,y,x

# sitk image to numpy data
np_array = sitk.GetArrayFromImage(image)

5 Numpy矩阵数据转成SimpleITK图像数据，用DetImageFromArray()函数

# numpy data to sitk image
sitk_image = sitk.GetImageFromArray(np_array)
sitk_image.SetOrigin(origin)
sitk_image.SetSpacing(spacing)
sitk_image.SetDirection(direction)