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原创 Seurat版本到底如何通用(记录疑问(未解决

>未解决V4版本SeuratObject和DoubletFinder不通用问题:最新版DoubletFinder适配V5版本SeuratObject(DoubletFinder::ParamSweep),旧版本DoubletFinder(DoubletFinder::ParamSweep_v3)无法成功安装并调用该函数。1. 关于DoubletFinder::ParamSweep_v3。正使用V4版本的Seurat。

2024-05-27 15:22:48 612

原创 在linux系统、conda环境下配置R软件及R包(内含fatal error: glpk.h: No such file or directory不完全解决办法:(

可以看到,我一共想安装9个R包,最终安装成功并能顺利library调用的只有5个!再次调用Seurat:(== 你还记得安装htmltools是为了Seurat吗((前情提要:服务器无sudo权限,无法修改默认目录以及各种Path。那把R包安装路径里的文件夹删掉再重新装呢。在安装BiocManager时也容易遇到千奇百怪的报错:!也找到了大佬的trouble shooting:……(其实完全没有装好,但是我装不下去了==)直接开装最难搞也是最有用的Seurat包:!注意了,Seurat包首字母可要大写啊。

2024-04-10 14:52:54 1876 1

原创 Rstudio安装R包报错:Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found

Rstudio无法安装AMORE包,报错:Warning in system(cmd) : 'make' not foundERROR: compilation failed for package 'AMORE',解决办法:安装RTools

2021-12-01 22:17:09 12528 2

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