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RSS订阅原创 如何对TCGA中同一临床样本不同组织类型数据进行生存分析？
生信初学者 最近在对TCGA下载的临床患者信息进行生信分析的时候，一些患者中存在（癌/癌旁）这种成对的基因表达数据，而我想表达数据中的某个差异表达的肿瘤相关基因 GeneA 进行研究，研究它和数据中对应的肿瘤患者的生存状况之间的关系 ，对于这种包含成对组织的病人样本来说 用于最后生信分析的GeneA 表达数据究竟是以癌组织的表达数据为准？还是以癌旁或者非癌组织的表达数据为准？
2024-02-02 09:05:35
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原创 cut&tag测序分析，IgG组spike-in.sam的seqDepth为0怎么办？
最近在做cut&tag测序分析时，IgG组的一个样本的进行spikein比对之后产生了IgG_spikeIn.sam，用代码 seqDepthDouble=`samtools view -F 0x04 $i|wc -l ` 运行之后 产生的spikeIn.seqDepth文件里的数值为0，导致后续无法生成scale factor进行normalize 进而最终无法获得normalized.bedgraph文件 求助这种情况下该如何处理？
2023-11-27 14:04:31
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