cut&tag测序分析，IgG组spike-in.sam的seqDepth为0怎么办？

最新推荐文章于 2024-10-16 18:59:21 发布
最新推荐文章于 2024-10-16 18:59:21 发布
阅读量168 收藏
点赞数
文章标签： bash
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/Bishop311/article/details/134643658
版权

最近在做cut&tag测序分析时，IgG组的一个样本的进行spikein比对之后产生了IgG_spikeIn.sam，用代码 seqDepthDouble=`samtools view -F 0x04 $i|wc -l ` 运行之后 产生的spikeIn.seqDepth文件里的数值为0，导致后续无法生成scale factor进行normalize 进而最终无法获得normalized.bedgraph文件 求助这种情况下该如何处理？？

Bishop311
关注
samtools view中关于flag过滤的几个特点
weixin_30340353的博客
09-16 1103
以下这段翻译自SAMv1.pdf __________________________ 以下几个选项计算结果一样 -c -f1 =-c -F12 -c -f2 =-c -f2 -F4 = -c -f2 -F12 -c -F12=-c -F524 # 0x4 + 0x8 + 0x200 -c -F4 = -c -F516 -c -F260=-c -F772 # ...
ANNOgesic-0.7.22-py3-none-any.whl.zip
02-26
标题中的"ANNOgesic-0.7.22-py3-none-any.whl.zip"表明这是一个关于ANNOgesic软件的压缩包，版本号为0.7.22，适用于Python 3环境，且不特定于任何硬件架构。"whl"标签提示我们这个文件是Python的 Wheel 格式，它是预...
cut&tag学习笔记
weixin_52073820的博客
05-13 863
上图是我得到的结果，下图是教程的结果，比对结果有一些差异，我也不知道具体原因是啥。谷歌了一下，发现原因可能是因为环境变量的问题，系统不知道picard的具体位置，需要设置全局环境变量，遂查了一下picard的位置。我发现我做出来的结果测序深度一致，但是比对的结果有一点差异，不知道是我的操作问题，还是参考基因组更新了导致比对结果出现了些许不同。上图是我得到的结果，下图是教程的结果，除了IgG_rep1外比对结果一致。上图是我的结果，下图是教程的结果，结果不太一致，不知道是具体的原因是什么。
CUT&Tag数据分析注意要点及流程
m0_70611557的博客
09-01 1131
可以用来对CUT&Tag数据做peakcalling的软件，我仍然选择使用macs系列。1. 测序片段前10bp存在质量波动属于正常现象无需修剪。2. CUT&Tag不需要进行PCR去重。（自己总结的经验，如有错误请纠正）
一篇无耻的跟做而已
yayiling的博客
06-11 1067
CUT&Tag 一篇鸡肋的跟做 一、数据下载 数据来源： Kaya-Okur et al., 2020 可从GEO下载 projPath="~/Cut/" wget -O $projPath/data/IgG_rep2/IgG_rep2_R1_001.fastq.gz ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR875/001/SRR8754611/SRR8754611_1.fastq.gz wget -O $projPath/data/IgG_rep2/IgG_r
samtools 1.9
光尘的博客
10-15 2527
下载 地址：http://blog.sina.com.cn/s/blog_65ba09d90101ddsh.html 安装 tar -jxf samtools-1.9.tar.bz2 cd samtools-1.9/ make echo 'export PATH=/home/li.han/Softwares/samtools-1.9:$PATH' >> ~/.bashrc 用...
CUT&Tag+RNA-seq关联分析的 5 个套路
Igenebook的博客
03-07 2081
CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。图：在MET基因座位上，叠加显示了CUT&Tag、ChIP-seq和RNA-seq的轨迹，展示了SET、CDK9、PP2A-A、PP2A-C和Pol II在染色质上的占据情况，以及在对照组和SET-KO细胞中的mRNA表达情况[2]
cut&tag和chip-seq的区别？
zengwanqin的博客
01-08 1320
cut&tag和chip-seq的区别？ATAC-seq？
含spike-in的单细胞分析
qq_39306047的博客
06-03 2649
含spike-in的单细胞分析 #需要格外注意的一点是：如果实验设计中加入的spike-in #transcripts(比如ERCC)，在比对时一定要将这些参考序列加入到我们的参考基因组中，再进行比对。否则可以理解加了也是白加。 #数据包，提供很多示例scRNA-seq表达矩阵信息 https://www.jianshu.com/p/a70c831c95f5 $ head fastqid.txt ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR679/001/SRR6790711/SRR67
人工智能-数据分析-基于二代测序的转录组数据分析方法的比较研究.pdf
07-02
本研究证明了基于二代测序的转录组数据分析方法的可行性和有效性，并为今后的大规模转录组数据分析奠定了基础。同时，我们也讨论了人工智能在数据分析中的应用，例如机器学习算法和深度学习算法等，可以帮助我们更好...
ANNOgesic-0.7.32-py3-none-any.whl.zip
02-26
标题中的"ANNOgesic-0.7.32-py3-none-any.whl.zip"表明这是一个关于ANNOgesic软件的压缩包，版本号为0.7.32，适用于Python 3环境，且不特定于任何硬件架构。"whl"是标签，它代表了"wheel"文件，这是Python社区广泛...
ANNOgesic-0.7.31-py3-none-any.whl.zip
02-26
标题中的"ANNOgesic-0.7.31-py3-none-any.whl.zip"表明这是一个关于ANNOgesic软件的压缩包，版本号为0.7.31，适用于Python 3环境，且不特定于任何硬件架构。"whl"标签提示我们这个文件是Python的 Wheel 格式，它是预...
AltAnalyze-2.1.2.0.3-py2.py3-none-any.whl.zip
06-03
AltAnalyze是一款强大的生物信息学工具，主要用于转录组数据分析，包括差异表达分析、基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis, GSEA）、转录本结构分析以及分子网络构建等多个方面。这个软件包的版本是2.1....
bash特殊字符
qq_69900890的博客
10-10 843
行首以 # 开头(除#!之外)的是注释。是用于指定当前脚本的解释器，我们这里为 bash，且应该指明完整路径，所以为 /bin/bash。当然，在 echo 中转义的 # 是不能作为注释的：输入如下代码，并保存。
bash: ifconfig（ip）: command not found
m0_52592128的博客
10-14 345
bash： ifconfig :command not found
windows上的git bash中会将~设为哪个目录？
qq_45993770的博客
10-16 329
在 Windows 的 Git Bash 中，通常指向C:\Users\你的用户名目录，除非通过设置HOME环境变量进行了自定义。你可以通过echo ~和echo $HOME命令来确认和验证当前所指向的目录。
bash之基本运算符
qq_69900890的博客
10-15 413
原生 bash 不支持简单的数学运算，但是可以通过其他命令来实现，例如 awk 和 expr，expr 最常用。expr 是一款表达式计算工具，使用它能完成表达式的求值操作。注意使用的反引号（esc 键下边）表达式和运算符之间要有空格 $a + $b 写成 $a+$b 不行条件表达式要放在方括号之间，并且要有空格 [ $a == $b ] 写成 [$a==$b] 不行乘号（*）前边必须加反斜杠（\)才能实现乘法运算。
bash之流程控制
最新发布
qq_69900890的博客
10-16 601
和 Java、PHP 等语言不一样，sh 的流程控制不可为空在 sh/bash 里可不能这么写，如果 else 分支没有语句执行，就不要写这个 else。
ChIP-seq、CUT&Tag和DAP-seq技术的差异点在哪里？
09-09
ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）和CUT（染色质核苷酸可及性测序）是两种在研究染色质调控方面广泛使用的测序技术。 ChIP-seq是通过免疫沉淀染色质中特定蛋白质结合的DNA片段，并使用高通量测序技术对其进行测序。...
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值