HDU3341 Lost's revenge【AC自动机 + DP(状态编号)】

题目描述：

N(<=50)个有效基因串，每个长度<=10，你有的基因串M，长度<=40，重排M，使得其包含的有效基因串数最多（可重叠），输出最多个数。
基因只有四个字母AGCT。

题目分析：

有效基因串建立AC自动机。
$f[a][b][c][d][i]$表示分别用了$a,b,c,d$个字母A,G,C,T，当前在自动机的$i$号点得到的最多有效基因数，枚举添加字符转移，最坏复杂度$O(11^4\ast 500\ast 4)$。

$f$显然不能直接开五维数组，可以枚举状态进行编号，直接dfs也是比较方便的，预处理出每个状态转移到的下一个状态的编号，五维就可以缩为$f[11^4][i]$。

编号也可以通过变进制，记A G C T的总数分别为$s_1,s_2,s_3,s_4$，那么$(a,b,c,d)$就可以表示为$a+b\ast (s_1+1)+c\ast (s_1+1)(s_2+1)+d\ast (s_1+1)(s_2+1)(s_3+1)$。最好在DP前把当前状态的下一个状态的编号存在数组里，避免在DP里面再去求下一个状态，减小常数。

Code：

#include<bits/stdc++.h>
#define maxn 505
#define maxc 4
using namespace std;
int T,n,t[4],ch[maxn][maxc],fail[maxn],cnt[maxn],tot,f[15005][maxn],nxt[15005][maxc],sum;
char s[45];
inline int Num(char c){return c=='A'?0:c=='G'?1:c=='C'?2:3;}
void Clear(){
	memset(ch,0,(tot+1)*maxc*4),memset(fail,0,(tot+1)*4);
	memset(cnt,0,(tot+1)*4),memset(t,0,sizeof t),tot=0;
}
void insert(char *s){
	int r=0,v;
	for(int i=0;s[i];i++,r=ch[r][v]) if(!ch[r][v=Num(s[i])]) ch[r][v]=++tot;
	cnt[r]++;
}
int q[maxn],L,R;
void build(){
	q[L=R=0]=0;
	while(L<=R){
		int r=q[L++],c; cnt[r]+=cnt[fail[r]];
		for(int i=0;i<maxc;i++)
			if(c=ch[r][i]) fail[c]=r?ch[fail[r]][i]:0,q[++R]=c;
			else ch[r][i]=ch[fail[r]][i];
	}
}
void solve(){
	int a[4],b[4]={1,t[0]+1,(t[0]+1)*(t[1]+1),(t[0]+1)*(t[1]+1)*(t[2]+1)};
	for(a[0]=0;a[0]<=t[0];a[0]++) for(a[1]=0;a[1]<=t[1];a[1]++) for(a[2]=0;a[2]<=t[2];a[2]++) for(a[3]=0;a[3]<=t[3];a[3]++){
		int now=a[0]+a[1]*b[1]+a[2]*b[2]+a[3]*b[3];
		for(int i=0;i<4;i++) nxt[now][i]=a[i]<t[i]?now+b[i]:-1;
	}
	sum=b[3]*(t[3]+1)-1,memset(f,-1,(sum+1)*maxn*4),f[0][0]=0;
	for(int s=0;s<sum;s++) for(int i=0;i<=tot;i++) if(~f[s][i])
		for(int j=0,x,c;j<4;j++) if(~(x=nxt[s][j]))
			c=ch[i][j],f[x][c]=max(f[x][c],f[s][i]+cnt[c]);
	printf("Case %d: %d\n",++T,*max_element(f[sum],f[sum]+tot+1));
}
int main()
{
	while(scanf("%d",&n),n){
		for(int i=1;i<=n;i++) scanf("%s",s),insert(s);
		build();
		scanf("%s",s);
		for(int i=0;s[i];i++) t[Num(s[i])]++;
		solve(),Clear();;
	}
}