致命错误：Rdefines.h：没有那个文件或目录

致命错误：Rdefines.h：没有那个文件或目录

Rdefines.h: No such file or directory

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关键词

• CentOS 7
• 安装rpy2
• pip3 install rpy2报错
• python3 setup.py rpy2报错

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错误

• 致命错误：Rdefines.h：没有那个文件或目录
• Rdefines.h: No such file or directory
• 报错代码如下
  running build_clib
building 'r_utils' library
creating build/temp.linux-x86_64-3.6
creating build/temp.linux-x86_64-3.6/rpy
creating build/temp.linux-x86_64-3.6/rpy/rinterface
gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I./rpy/rinterface -c ./rpy/rinterface/r_utils.c -o build/temp.linux-x86_64-3.6/./rpy/rinterface/r_utils.o
./rpy/rinterface/r_utils.c:24:22: 致命错误：Rdefines.h：没有那个文件或目录
#include <Rdefines.h>


解决方案

打开r_utils.c文件（…/rpy2-2.9.3/rpy/rinterface/r_utils.c）
起始行如下：

#include <stdlib.h>
#include <Rdefines.h>
#include <R_ext/Rallocators.h>
#include "r_utils.h"

static int embeddedR_isinitialized;

/* Return whether R has been initialized */
int
rpy2_isinitialized(void)
{
  int res = (embeddedR_isinitialized == 1) ? 1 : 0;
  return res;
}

仔细找寻文件可以发现，Rdefines.h、R_ext/Rallocators.h等等文件都是存在的。
他们的路径为：
/usr/local/lib64/R/include/

如:

• Rdefines.h: /usr/local/lib64/R/include/Rdefines.h
• R_ext/Rallocators.h: /usr/local/lib64/R/include/R_ext/Rallocators.h

而 CentOS 7默认的c头文件库路劲为：
/usr/include/

因此，最便捷的解决方式就是：

[进入root]
$ su
[直接复制需要的文件到主目录]
# cp -r /usr/local/lib64/R/include/* /usr/include/
[退出root]
# exit
$ pip3 install rpy2
[ 或者从源码安装 rpy2 ]
$ python3 setup.py install