自交衰退：SSR分析（鹅掌楸属树种/海滨锦葵）

1.方法与材料

品种1：A        品种2：B1\B2\B3\B4

分别进行自交、种内杂交、种间杂交

测树高、胸径、子代存活率，统计均值、标准差、变异系数（标准差/均值）

自交衰退水平=1-（自交适合度/异交适合度）

用到576对SSR引物对子代进行PCR分析，重复三次

为避免抽样误差，进行了300多个子代个体的取样

原理：对于某一基因位点，如双亲基因型都为杂合子 ab(SSR电泳图中为双带) ，正常情况下，其自交子代将出现 3 种基因型个体，分别为 aa，ab 和 bb( SSR电泳图中为单带、双带和单带，即 2 种纯合基因型的单带都出现) ; 如果存在隐性致死基因，则其子代就仅出现 2 种基因型个体，aa 和 ab，或者 ab 和 bb(SSR电泳图中为单带和双带，或双带和单带，即在自交子代中，某一种纯合子始终没有出现

 

 

2.实验结果

2.1 该材料存在较为明显的自交衰退现象

2.2利用自交子代纯合子比率估算亲本杂合度，发现不同品种的亲本杂合度不一

2.3 SSR的致死位点筛选

PAGE电泳大规模筛选，找到隐形纯和致死位点可能存在的大范围区域（本文中在50bp的位点附近）

对两个SSR位点对应的EST序列进行比对，找到相关的碱基序列，而后用blast进行相关比对，寻找同源基因，进而分析功能。

3.讨论

自交衰退一般出现在种子萌发阶段，在生长后期自交衰退不明显

可能是由于种子萌发初期，控制其生理活动的基因较少，有害基因容易表现出来，到了生长发育的后期，多种基因共同起作用，一定程度上避免出现致死表型（但是还是存在一些致死突变的，比如马铃薯的白化苗、畸形根等）

据研究，大效应有害基因通常在植株发育早期影响生长，而微效应有害基因则在生长发育的中后期起作用。

海滨锦葵

海滨锦葵么有现成的SRR引物，但是据说由于植物中有基因的保守性，所以同属、同科的植物之间的引物可以互用（是不是可以用大豆基因组的SSR引物？或者是不是可以利用苜蓿本身的基因组数据设计相关引物？）

[1]潘文婷,姚俊修,李火根.鹅掌楸属树种自交衰退的SSR分析[J].林业科学,2014,50(04):32-38.