RuntimeError: command ‘/anaconda3/envs/atac/bin/macs2‘ callpeak

RuntimeError: command /anaconda3/envs/atac/bin/macs3 callpeak --treatment outs/consensus_peak_calling/pseudobulk_bed_files/Endothelial.fragments.tsv.gz --name Endothelial cells --outdir /Users/lijingli/data/CNV/outs/consensus_peak_calling/MACS --format BEDPE --gsize mm --qvalue 0.05 --nomodel --shift 73 --extsize 146 --keep-dup all --call-summits --nolambda return with error (code 2): b’usage: macs3 [-h] [–version]\n …\nmacs2: error: unrecognized arguments: cells\n’

解决方案：研究了好久发现细胞名命名的时候不要用空格分割，在用macs2 callpeak的时候运行命令行到空格停顿，以至于cells当作一个参数。