[VASP learning]p4vasp旋转和平移操作和H2O-H-OH2质子传递的反应路径和过渡态定位

目录

始态和终态

输入文件

POSCAR

KPOINTS、POTCAR 

INCAR

过渡态

 输入文件

POSCAR

OUTCAR

INCAR

插入过渡态

计算结果

---

#本文只有模拟实验过程，没有理论介绍

始态和终态

过渡态搜索需要首先分别构建始态反应物和终态产物的POSCAR

输入文件

POSCAR

我们以水分子优化后的CONTCAR文件作为基础，用p4vasp软件打开水分子的CONTCAR

H2O                                     
1.0
+10.0000000000  +0.0000000000  +0.0000000000 
 +0.0000000000 +10.0000000000  +0.0000000000 
 +0.0000000000  +0.0000000000 +10.0000000000 
O H
 1 2
Selective
Cartesian
 +5.0000000000  +5.0000000000  +5.0000000000  F F F
 +5.0000000000  +4.2306224867  +5.5954892712  F T T
 +5.0000000000  +5.7693783680  +5.5954881785  F T T

1）将水分子旋转后平移到xOy平面

点击p4vasp左侧【Build】，为方便修改坐标，选择笛卡尔坐标系：Coordinates: cartesian

按住Ctrl，鼠标选中所有原子，点击【Edit】-【Rotate atoms】-【Get group】

O原子坐标为Center的参数，如果你的CONTCAR中O原子在H原子之后，点击右侧的【last】

我这里旋转轴平行于Y轴，点击【Y】。也可以输入轴的向量Axis: (0 1 0)

选择角度Angle: 90，注意正负

【Rotate】旋转后的水分子及坐标：

 选中所有原子【Edit】-【Move atoms】-【Get group】

点击“To:”行的【1st】，将Z方向修改为0，点击“From:”行的【1st】，自动计算出平移向量Vector。

也可以直接编辑向量Vector：(0 0 -5)

这里的平移也可以直接修改原子坐标Z分量参数

【Move】平移后再向X负方向平移0.5(\AA)：