[VASP learning]用N掺杂石墨烯，计算O原子吸附扩散的反应路径

目录

始态和终态

输入文件

POSCAR

POTCAR、KPOINTS、INCAR

过渡态

输入文件

POSCAR

OUTCAR

INCAR

插入过渡态

计算结果

---

始态和终态

输入文件

POSCAR

我们首先在Material Studio中打开绘制好的石墨烯晶胞

[VASP learning]用MS绘制矩形格子石墨烯-CSDN博客https://blog.csdn.net/Dr_Carrot/article/details/135652726

将其中一个C原子变为N原子（可以跳过此步在石墨烯的POSCAR中直接修改） 

 将模型导出为.cif文件：【File】-【Export】

将N掺杂的石墨烯cif文件上传到服务器中，用vaspkit生成POSCAR

在POSCAR中添加一个O原子。始态的O原子添加在邻N的C原子上方，终态的O原子添加在N原子上方

reactant
1.0
     8.52170000     0.00000000     0.00000000
     0.00000000     9.84000000     0.00000000
     0.00000000     0.00000000    10.00000000
  C  N  O
  31  1  1
Direct
     0.00000000     0.00000000     0.00000000
     0.00000000     0.25000000     0.00000000
     0.00000000     0.50000000     0.00000000
     0.00000000     0.75000000     0.00000000
     0.50000000     0.00000000     0.00000000
     0.50000000     0.25000000     0.00000000
     0.50000000     0.75000000     0.00000000
     0.25000000     0.12500000     0.00000000
     0.25000000     0.37500000     0.00000000
     0.25000000     0.62500000     0.00000000
     0.25000000     0.87500000     0.00000000
     0.75000000     0.12500000     0.00000000
     0.75000000     0.37500000     0.00000000
     0.75000000     0.62500000     0.00000000
     0.75000000     0.87500000     0.00000000
     0.08333000     0.12500000     0.00000000
     0.08333000     0.37500000     0.00000000
     0.08333000     0.62500000     0.00000000
     0.08333000     0.87500000     0.00000000
     0.58333000     0.12500000     0.00000000
     0.58333000     0.37500000     0.00000000
     0.58333000     0.62500000     0.00000000
     0.58333000     0.87500000     0.00000000
     0.33333000     0.00000000     0.00000000
     0.33333000     0.25000000     0.00000000
     0.33333000     0.50000000     0.00000000
     0.33333000     0.75000000     0.00000000
     0.83333000     0.00000000     0.00000000
     0.83333000     0.25000000     0.00000000
     0.83333000     0.50000000     0.00000000
     0.83333000     0.75000000     0.00000000
     0.50000000     0.50000000     0.00000000
     0.50000000     0.75000000     0.25000000

POTCAR、KPOINTS、INCAR

用vaspkit生成KPOINTS、POTCAR，INCAR文件可以将H2O-H-OH2体系的INCAR复制过来，截断能可以设置大一点ENCUT=450，迭代次数可以多一点NSW=100

分别提交始态和终态任务

过渡态

输入文件

POSCAR

将始态reactant/CONTCAR复制为00/POSCAR，终态product/CONTCAR复制为04/POSCAR

OUTCAR

将上一步得到的OUTCAR也复制到对应的文件夹

INCAR

将H2O-H-OH2体系计算过渡态时的INCAR复制过来，注意ENCUT=450，与始态计算的截断能一致。IMAGES=3

Global Paramaters
ISTART = 0
ICHARG = 2
PREC   = Normal
ENCUT  = 400
LREAL  = Auto
ALGO   = Fast
LWAVE  =.TRUE.
LCHARG =.TRUE.
NPAR   = 4
ISPIN  = 2
LREAL  =.FALSE.
 
Electronic
ISMEAR = 0
SIGMA  = 0.05
NELM   = 30
NELMIN = 4
EDIFF  = 1E-03
 
Ionic
NSW    = 30
IBRION = 3
ISIF   = 2
EDIFFG =-2E-02
ISYM   = 0
IOPT   = 7
POTIM  = 0
IMAGES = 3
LCLIMB =.FALSE.
MAXMOVE=0.1
TIMESTEP=0.1
NELECT = 16

插入过渡态

执行命令 nebmake.pl 00/POSCAR 04/POSCAR 3

插入3个过渡态

关键计算文件结构如下：

>>tree

GO-N

├─00

├─01

├─02

├─03

├─04

├─INCAR

├─KPOINTS

├─POTCAR

├─reactant

├─product

└─#你的提交脚本文件

计算结果

>>nebef.pl
   0         0.000000      -296.783100         0.000000 
   1       161.596667      4084.790000      4381.573100 
   2       148.096819      4001.638100      4298.421200 
   3         0.000000      -295.039200         1.743900 

我们发现第1、2个过渡态计算结果过于离谱，并且没有product的能量。用可视化软件打开过渡态1的POSCAR和CONTCAR： 

可以看出计算后石墨烯结构发生了明显的变形，这显然是因为没有测试真空层厚度导致真空层的厚度设置的不够，两个周期结构相互影响。

Rubbish in, rubbish out ! ! !

这次计算中因为真空层的问题过渡态计算失败了，关于过渡态的计算实例可以看之前的文章：

[VASP learning]p4vasp旋转和平移操作和H2O-H-OH2质子传递的反应路径和过渡态定位-CSDN博客https://blog.csdn.net/Dr_Carrot/article/details/135660094