clump的时候，报错：The query to MR-Base exceeded 300 seconds ，尝试做本地clump

clump的时候，报错：The query to MR-Base exceeded 300 seconds ，尝试做本地clump

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参考了一下前人的经验，这里是参考的原文的链接

TwoSampleMR:local clump(MR-Base exceeded 300 seconds) 包括Windows和Linux R解决办法_Bioinfoer的博客-CSDN博客

下面是我自己跑的代码，在原文的基础上加了一些我的修改和解读

先安装包

devtools::install_github("mrcieu/ieugwasr",force = TRUE)

更新所有的包

library(ieugwasr)

devtools::install_github("explodecomputer/plinkbinr")

library(plinkbinr)

get_plink_exe()

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下载bfile，我的GWAS是欧洲人种所以用EUR*，存到本地G盘的EUR_ref/EUR文件夹里

#http://fileserve.mrcieu.ac.uk/ld/1kg.v3.tgz

#解压该文件夹

b <- ld_clump(

dplyr::tibble(rsid=a$rsid, pval=a$p, id=a$id),

#get_plink_exe()

plink_bin = "C:/Users/Thinkpad/Documents/R/win-library/4.0/plinkbinr/bin/plink_Windows.exe",

#欧洲人群参考基因组位置

bfile = "D:/EUR_ref/EUR"

)

上面这一段代码在运行的时候又遇到了下面的报错

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按照路径打开了该文件，应该就是clump没有成功，导致生成临时文件失败，在clump成功的文件里面找相应的文件也是没有的，因为这个只是一个临时生成的中间文件，只不过在这一步临时文件生成没有成功。

后面看到上文作者改了源代码

这个是源代码的网址

GitHub - MRCIEU/ieugwasr: R interface to the IEU GWAS database API

把源代码的zip下载到G盘，下载下来之后本地解压命名为ieugwasr

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作者改的就是ld_matrix这个文件

用R打开，在相应的位置加上 " --threads 1 "，

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然后保存，然后再本地重新安装ieugwasr

setwd("G:/ieugwasr")

devtools::install_local() 安装完成之后

library(ieugwasr)

library(plinkbinr)

get_plink_exe()

trait1.exposure_data_clumped <- ld_clump(

dplyr::tibble(rsid=trait1.exposure_data_1$SNP,

pval=trait1.exposure_data_1$pval.exposure,

id=trait1.exposure_data_1$exposure,

beta_col = trait1.exposure_data_1$beta.exposure,

se_col = trait1.exposure_data_1$se.exposure,

eaf_col = trait1.exposure_data_1$eaf.exposure),

#get_plink_exe()

plink_bin = "C:/Users/Thinkpad/Documents/R/win-library/4.0/plinkbinr/bin/plink_Windows.exe",

#欧洲人群参考基因组位置

bfile = "G:/EUR_ref/EUR"

)

运行之后，还是出现了上述的问题。

后来跟在线数据库的clump比对了一下

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在线clump

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编辑切换为居中

本地clump

本地clump的数据，自己在 dplyr::tibble列哪些数据才展现哪些数据，比在线的clump的数据要少一些。

然后出现前面：The query to MR-Base exceeded 300 seconds的问题，主要是我把很多exposure的snp放在一个txt文档里面，想一起做clump，后来觉得把exposure 逐个拆开，用for循环来逐个文件做clump。