长话短说,傻羊在R语言使用一个clumb_data()---TwoSampleMR包----函数,对GWAS碱基连锁不平衡问题进行处理时,之前还能正常使用的clumb_data() 函数突然不能用了,并报错:
Error in mtfrm.default(list(url = "https://api.opengwas.io/api/ld/clump", : cannot mtfrm......
查阅资料,比较受到认可的方法是,在代码语句前添加全局配置(参考Github):
options(ieugwasr_api = 'https://api.opengwas.io/api/ld/clump')
据说可以帮助大多数人,尤其是你的相关R包还是旧版本时……
但,对我却没效果!……
全网搜索,没有找到现成的答案,于是用最笨的方法把clump_data()的源代码和相关衍生函数在本地跑了一遍。有三个重要发现:
1. clump_data()函数实质上是调用的