基于intel编译器安装WRF-Chem(4-5)

本文详细介绍了如何在开发环境中配置并安装一系列IT技术依赖库,包括并行计算工具mpich、数据压缩库zlib、科学数据管理库hdf5、网络数据传输工具curl、netcdf库及其接口,以及图像处理相关的libpng和jasper。还提供了miniconda和ncl的安装步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

四、配置环境变量

五、安装所需依赖库

安装包地址在文章开头,全解压于src,安装于LIBRARIES

支持库

用途

mpich-3.0.4

用于并行运算

zlib-1.2.11

用于数据压缩和解压,安装WPS所需的前置库

hdf5-1.12.1

用于存储、管理和处理大型和复杂的科学数据的文件格式和库,可以跨平台

curl-7.83.1

用于网络数据传输,通过不同的协议(如HTTP、FTP、SMTP等)在计算机之间传输数据

netcdf-c-4.81.1

用于访问和操作nc文件(netcdf和zip、jpeg、bmp文件格式类似,都是一种文件格式的标准)

netcdf-cxx4-4.3.1

是NetCDF库的不同接口,功能如上

netcdf-fortran-4.5.3

是NetCDF库的不同接口,功能如上

libpng-1.6.37

用于处理PNG图像文件

jasper-1.900.1

用于图像处理和计算机视觉任务,安装WPS所需的前置库

1mpich安装

tar -xvf mpich-3.0.4.tar.gz
cd mpich-3.0.4
./configure --prefix=$DIR/mpich
make
make install
vi ~/.bashrc
export MPI_ROOT=$DIR/mpich
export PATH=$MPI_ROOT/bin:$PATH
export MANPATH=$MPI_ROOT/man:$MANPATH
source ~/.bashrc
cd ..

which mpicc 查看位置信息

mpichversion 查看版本信息,出现版本号说明安装成功

2zlib安装

tar -xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$DIR/grib2
make
make install
vi ~/.bashrc
export ZLIB=$DIR/grib2
export PATH=$ZLIB/bin:$PATH
source ~/.bashrc
cd ..

验证安装:ldconfig -p | grep libz

出现类似下图则安装成功

3hdf5安装

tar -xvf hdf5-1.12.1.tar
cd hdf5-1.12.1
./configure --prefix=$DIR/hdf5
make
make install
vi ~/.bashrc
export PATH=$DIR/hdf5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$DIR/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
source ~/.bashrc
cd ..

4curl安装

tar -xvf curl-7.81.1.tar.gz
cd curl-7.81.1
./configure --prefix=$DIR/curl --with-zlib=$DIR/grib2 --without-ssl
make
make install
cd ..

5netcdf安装(netcdf-cnetcdf-cxxnetcdf-fortran

netcdf4.2版本之前这些是一体的,4.2之后要分别下载,都编译安装才能正常工作

tar -xvf netcdf-c-4.8.1.tar.gz
cd netcdf-c-4.8.1
./configure --prefix=$DIR/netcdf --disable-dap --disable-netcdf-4 --disable-shared
make
make install
cd ..

出现如下提示表示安装成功,另外两个也是

tar -xvf netcdf-cxx4-4.3.1.tar
cd netcdf-cxx4-4.3.1
./configure --prefix=$DIR/netcdf
make
make install
cd ..
tar -xvf netcdf-fortran-4.5.3.tar.gz
cd netcdf-fortran-4.5.3
./configure --prefix=$DIR/netcdf
make
make install
cd ..

可以用nc-cofig --version和nf-cofig --version来验证是否安装成功,成功会出现相应的版本号

netcdf安装过程中可能会出现众多问题,不要灰心,使用make clean消除编译文件后继续重来,注意检查自己的版本是否适配

6libpng

tar -xzvf libpng-1.6.37.tar.gz     
cd libpng-1.6.37
cp scripts/makefile.linux makefile
vim makefile
# makefile中找到zlib相关的两行,修改成实际的zlib/lib和zlib/include,再找到prefix项,修改为制定的路径,并在CC处修改为所用的编译器,我这边按实际情况,写的是
CC=icc
prefix=/home/loumj/Build_WRF/LIBRARIES/grib2
ZLIBLIB=/home/loumj/Build_WRF/LIBRARIES/grib2/lib
ZLIBINC=/home/loumj/Build_WRF/LIBRARIES/grib2/include
make
make install
vi ~/.bashrc
export LIBPNG=$DIR/grib2
export PATH=$LIBPNG/bin:$PATH
source ~/.bashrc
cd ..

此外,按照常规教程,主要的安装步骤为

tar -xzvf libpng-1.6.37.tar.gz     
cd libpng-1.6.37
./configure --prefix=$DIR/grib2
make
make install
cd ..
vi ~/.bashrc
export LIBPNG=$DIR/grib2
export PATH=$LIBPNG/bin:$PATH
source ~/.bashrc

但是我做的时候出现了如下错误:

错误1:configure阶段

configure: error: zlib not installed

可以通过添加环境变量如下,解决,参考 交叉编译libpng报错:configure: error: zlib not installed-CSDN博客

export LDFLAGS=-L$DIR/zlib/lib

export CPPFLAGS=-I$DIR/zlib/include

错误2:make阶段(此错误我暂时无法解决,如有解决方法,欢迎大家在评论留言)

因而转变方法,参考 Ubuntu安装libpng提示configure: error: ZLib not installed解决方法-CSDN博客

7jasper安装

tar -zxvf jasper-1.900.1.tar.gz
cd jasper-1.900.1
./configure --prefix=$DIR/grib2
make
make install
cd ..
vi ~/.bashrc
export JASPER=$DIR/grib2
export PATH=$JASPER/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$JASPER/lib:$LD_LIBRARY_PATH
source ~/.bashrc

8ncl安装

此处安装参考https://blog.csdn.net/a1150162163/article/details/126847217

安装miniconda

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

sh ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

之后操作一直Enter,出现下图,输入yes

之后操作一直Enter,出现下图,输入yes

安装完成后检查是否在默认目录下出现miniconda3的目录

比如我这里出现/home/loumj/miniconda3

接着检查.bashrc文件

进入环境变化,如果安装成功会在底部出现类似的内容

安装ncl

确保在(base)状态下,切换网络环境使用“科学手段”

conda create -n ncl_stable -c conda-forge ncl

source activate ncl_stable

输入ncl -v,可以看见版本号

输入ncl,进入互动模式

如果网络环境受限,可以手动安装,参考 使用Conda离线安装NCL - 知乎 (已测试可行)

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