ch6_01 Pandas 数据加载、存储&文件格式

最新推荐文章于 2023-01-04 22:01:31 发布

MrUncle德鲁

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分类专栏：利用Python进行数据分析文章标签： pandas 数据读写 csv、JSON、HTML

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输入输出通常分为以下几大类：读取文本文件和其他的更高效的磁盘存储格式、加载数据库中的数据、利用Web API操作网络资源

6.1读写文本格式的数据

pandas提供了一些用于将表格型数据读取为DataFrame对象的函数。下表进行了总结，其中用的比较多的就是read_csv和read_table

6.1

import pandas as pd

df = pd.read_csv('data/ex1.csv')
df

	a	b	c	d	message
0	1	2	3	4	hello
1	5	6	7	8	world
2	9	10	11	12	foo

虽然是.csv文件，但是可以使用read_table来读取，但是需要指定分隔符为“，”

pd.read_table('data/ex1.csv',sep='，')

d:\program filles\python\lib\site-packages\ipykernel_launcher.py:1: ParserWarning: Falling back to the 'python' engine because the separator encoded in utf-8 is > 1 char long, and the 'c' engine does not support such separators; you can avoid this warning by specifying engine='python'.
  """Entry point for launching an IPython kernel.

	a,b,c,d,message
0	1,2,3,4,hello
1	5,6,7,8,world
2	9,10,11,12,foo

并不是所有的文件都有标题行，读入文件时可以使用默认的列名，也可以自己定义

pd.read_csv('data/ex2.csv',header=None)

	0	1	2	3	4
0	1	2	3	4	hello
1	5	6	7	8	world
2	9	10	11	12	foo

pd.read_csv('data/ex2.csv',names=['A','B','C','D','message'])

	A	B	C	D	message
0	1	2	3	4	hello
1	5	6	7	8	world
2	9	10	11	12	foo

如果想要明确的将该列放到索引4的位置上可以通过index_col指定message

names = ['a','b','c','d','message']
pd.read_csv('data/ex2.csv',names=names, index_col='message')

	a	b	c	d
message
hello	1	2	3	4
world	5	6	7	8
foo	9	10	11	12

如果想要将多个列做成一个层次化索引，只需传入由列编号或列名组成的列表即可

parsed = pd.read_csv('data/csv_mindex.csv',index_col=['key1','key2'])
parsed

		value1	value2
key1	key2
one	a	1	2
	b	3	4
	c	5	6
	d	7	8
two	a	9	10
	b	11	12
	c	13	14
	d	15	16

还有一些文件含有不需要的数据，可以使用skiprows参数跳过指定的行

result = pd.read_csv('data/ex4.csv',skiprows=[0,2,3])
result

	a	b	c	d	message
0	1	2	3	4	hello
1	5	6	7	8	world
2	9	10	11	12	foo

缺失数据经常是要么没有（空字符串），要么用某个标记值表示。默认情况下，pandas会用一组经常出现的标记值进行识别，比如NA及NULL：

result = pd.read_csv('data/ex5.csv')
result

	something	a	b	c	d	message
0	one	1	2	3.0	4	NaN
1	two	5	6	NaN	8	world
2	three	9	10	11.0	12	foo

pd.isnull(result)

	something	a	b	c	d	message
0	False	False	False	False	False	True
1	False	False	False	True	False	False
2	False	False	False	False	False	False

参数na_values可以使用一个列表或者集合的字符串表示缺失值

result = pd.read_csv('data/ex5.csv',na_values=['NULL'])
result

	something	a	b	c	d	message
0	one	1	2	3.0	4	NaN
1	two	5	6	NaN	8	world
2	three	9	10	11.0	12	foo

字典的各列可以使用不同的NA标记值

sentinels = {'message':['foo','NA'],'something':['two']}
pd.read_csv('data/ex5.csv',na_values=sentinels)

	something	a	b	c	d	message
0	one	1	2	3.0	4	NaN
1	NaN	5	6	NaN	8	world
2	three	9	10	11.0	12	NaN

read_csv和read_table 一些常用的参数

逐块读取文本文件

在处理很大的文件时，或找出大文件中的参数集以便于后续处理时，你可能只想读取文件的一小部分或逐块对文件进行迭代。
在看大文件之前，需要先设置pandas的一些参数

pd.options.display.max_rows = 8
result = pd.read_csv('data/examples/ex6.csv')
result

	one	two	three	four	key
0	0.467976	-0.038649	-0.295344	-1.824726	L
1	-0.358893	1.404453	0.704965	-0.200638	B
2	-0.501840	0.659254	-0.421691	-0.057688	G
3	0.204886	1.074134	1.388361	-0.982404	R
...	...	...	...	...	...
9996	-0.479893	-0.650419	0.745152	-0.646038	E
9997	0.523331	0.787112	0.486066	1.093156	K
9998	-0.362559	0.598894	-1.843201	0.887292	G
9999	-0.096376	-1.012999	-0.657431	-0.573315	0

10000 rows × 5 columns

如果之想读取几行，可以通过nrows进行指定即可：

pd.read_csv('data/examples/ex6.csv',nrows=5)

	one	two	three	four	key
0	0.467976	-0.038649	-0.295344	-1.824726	L
1	-0.358893	1.404453	0.704965	-0.200638	B
2	-0.501840	0.659254	-0.421691	-0.057688	G
3	0.204886	1.074134	1.388361	-0.982404	R
4	0.354628	-0.133116	0.283763	-0.837063	Q

如果要逐块的读取文件，可以指定chunksize(行数)

chunker = pd.read_csv('data/examples/ex6.csv',chunksize=1000)
chunker

<pandas.io.parsers.TextFileReader at 0xed5ed0>

read_csv所返回的这个TextParser对象使你可以根据chunksize对文件进行逐块迭代。比如说，我们可以迭代处理ex6.csv，将值计数聚合到"key"列中，如下所示：

tot = pd.Series([])
for piece in chunker:
    tot = tot.add(piece['key'].value_counts(),fill_value=0)
tot = tot.sort_values(ascending=False)

tot[:10]

E    368.0
X    364.0
L    346.0
O    343.0
     ...  
J    337.0
F    335.0
K    334.0
H    330.0
Length: 10, dtype: float64

将数据写出到文本格式

数据也可以被输出为分隔符格式的文本

data = pd.read_csv('data/examples/ex5.csv')
data

	something	a	b	c	d	message
0	one	1	2	3.0	4	NaN
1	two	5	6	NaN	8	world
2	three	9	10	11.0	12	foo

data.to_csv('data/out.csv')# 也可以传入一个sep参数，指定分隔符

缺失值在输出结果中会被表示为空字符串。也可将其表示为别的标记值

import sys
data.to_csv(sys.stdout,na_rep='NULL')

,something,a,b,c,d,message
0,one,1,2,3.0,4,NULL
1,two,5,6,NULL,8,world
2,three,9,10,11.0,12,foo

如果没有设置其他参数，则默认列出行和列的标签。也可以不列出：

data.to_csv(sys.stdout,index=False,header=False)

one,1,2,3.0,4,
two,5,6,,8,world
three,9,10,11.0,12,foo

也可以只列出一部分列，并指定输出的顺序

data.to_csv(sys.stdout,index=False,columns=['a','c','b'])

a,c,b
1,3.0,2
5,,6
9,11.0,10

Series也有一个to_csv 的方法

import numpy as np
dates = pd.date_range('1/1/2000',periods=7)
ts = pd.Series(np.arange(7),index = dates)
ts.to_csv('data/tseries.csv')

pd.read_csv('data/tseries.csv')

	2000-01-01	0
0	2000-01-02	1
1	2000-01-03	2
2	2000-01-04	3
3	2000-01-05	4
4	2000-01-06	5
5	2000-01-07	6

处理分隔符格式

大部分存储在磁盘上的表格型数据都可以使用pandas.read_csv进行加载。但有时候需要做一些手工处理

import pandas as pd
import csv
f = open("data/examples/ex7.csv")
reader = csv.reader(f)

#对这个reader进行迭代将会为每行产生一个元组（并移除了所有的引号）:
for line in reader:
    print(line)

['a', 'b', 'c']
['1', '2', '3']
['1', '2', '3']

为了让数据格式符合要求，需要做以下工作。首先读取文件到一个多行的列表中：

with open("data/examples/ex7.csv") as f:
    lines = list(csv.reader(f))
     #然后将这些行分为标题行和数据行
    header, values = lines[0], lines[1:]
    #然后，我们可以用字典构造式和zip(*values)，后者将行转置为列，创建数据列的字典：
    data_dict = {h:v for h,v in zip(header,zip(*values))}

 data_dict

{'a': ('1', '1'), 'b': ('2', '2'), 'c': ('3', '3')}

CSV文件的形式有很多。只需定义csv.Dialect的一个子类即可定义出新格式（如专门的分隔符、字符串引用约定、行结束符等）：

class my_dialect(csv.Dialect):
    lineterminator = '\n'
    delimiter = '|'
    quotechar = '"'
    quoting = csv.QUOTE_MINIMAL

with open("data/examples/ex7.csv") as f:
    reader = csv.reader(f,dialect=my_dialect)
    print(reader)

<_csv.reader object at 0x07025DB0>

各个CSV语支的参数也可以用关键字的形式提供给csv.reader，而无需定义子类：

with open("data/examples/ex7.csv") as f:
    reader = csv.reader(f,delimiter='|')
    print(reader)

<_csv.reader object at 0x07025D30>

可用的选项（csv.Dialect的属性）及其功能如表6-3所示
要手工输出分隔符文件，你可以使用csv.writer。它接受一个已打开且可写的文件对象以及跟csv.reader相同的那些语支和格式化选项：

with open('data/mydata.csv','w') as f:
    writer = csv.writer(f,dialect=my_dialect)
    writer.writerow(('one','two','three'))
    writer.writerow(('1','2','3'))
    writer.writerow(('4','5','6'))
    writer.writerow(('7','8','9'))

JSON 文件

JSON（JavaScript Object Notation的简称）已经成为通过HTTP请求在Web浏览器和其他应用程序之间发送数据的标准格式之一。它是一种比表格型文本格式（如CSV）灵活得多的数据格式。

obj = """
{"name": "Wes",
 "places_lived": ["United States", "Spain", "Germany"],
 "pet": null,
 "siblings": [{"name": "Scott", "age": 30, "pets": ["Zeus", "Zuko"]},
              {"name": "Katie", "age": 38,
               "pets": ["Sixes", "Stache", "Cisco"]}]
}
"""

除其空值null和一些其他的细微差别（如列表末尾不允许存在多余的逗号）之外，
JSON非常接近于有效的Python代码。基本类型有对象（字典）、数组（列表）、字符串、数值、布尔值以及null。
对象中所有的键都必须是字符串。许多Python库都可以读写JSON数据。我将使用json，因为它是构建于Python标准库中的。通过json.loads即可将JSON字符串转换成Python形式：

import json
result = json.loads(obj)
result

{'name': 'Wes',
 'places_lived': ['United States', 'Spain', 'Germany'],
 'pet': None,
 'siblings': [{'name': 'Scott', 'age': 30, 'pets': ['Zeus', 'Zuko']},
  {'name': 'Katie', 'age': 38, 'pets': ['Sixes', 'Stache', 'Cisco']}]}

json.dumps则将Python对象转换成JSON格式：

asjson = json.dumps(result)
asjson

'{"name": "Wes", "places_lived": ["United States", "Spain", "Germany"], "pet": null, "siblings": [{"name": "Scott", "age": 30, "pets": ["Zeus", "Zuko"]}, {"name": "Katie", "age": 38, "pets": ["Sixes", "Stache", "Cisco"]}]}'

将（一个或一组）JSON对象转换为DataFrame最简单方便的方式是：向DataFrame构造器传入一个字典的列表（就是原先的JSON对象），并选取数据字段的子集：

siblings = pd.DataFrame(result['siblings'],columns=['name','age'])
siblings

	name	age
0	Scott	30
1	Katie	38

pandas.read_json可以自动将特别格式的JSON数据集转换为Series或DataFrame。默认选项假设JSON数组中的每个对象是表格中的一行：

data = pd.read_json('data/examples/example.json')
data

	a	b	c
0	1	2	3
1	4	5	6
2	7	8	9

将数据从pandas输出到JSON，可以使用to_json方法：

print(data.to_json())

{"a":{"0":1,"1":4,"2":7},"b":{"0":2,"1":5,"2":8},"c":{"0":3,"1":6,"2":9}}

print(data.to_json(orient='records'))

[{"a":1,"b":2,"c":3},{"a":4,"b":5,"c":6},{"a":7,"b":8,"c":9}]

XML和HTML：Web信息收集

Python有许多可以读写常见的HTML和XML格式数据的库，包括lxml、Beautiful Soup和html5lib。lxml的速度比较快，但其它的库处理有误的HTML或XML文件更好。pandas有一个内置的功能，read_html，它可以使用lxml和Beautiful Soup自动将HTML文件中的表格解析为DataFrame对象

import pandas as pd
tables = pd.read_html('data/examples/fdic_failed_bank_list.html')
len(tables)

failures = tables[0]
failures.head()

	Bank Name	City	ST	CERT	Acquiring Institution	Closing Date	Updated Date
0	Allied Bank	Mulberry	AR	91	Today's Bank	September 23, 2016	November 17, 2016
1	The Woodbury Banking Company	Woodbury	GA	11297	United Bank	August 19, 2016	November 17, 2016
2	First CornerStone Bank	King of Prussia	PA	35312	First-Citizens Bank & Trust Company	May 6, 2016	September 6, 2016
3	Trust Company Bank	Memphis	TN	9956	The Bank of Fayette County	April 29, 2016	September 6, 2016
4	North Milwaukee State Bank	Milwaukee	WI	20364	First-Citizens Bank & Trust Company	March 11, 2016	June 16, 2016

这里可以先做一些数据清洗和统计

close_timestamps = pd.to_datetime(failures['Closing Date'])
close_timestamps.dt.year.value_counts()

2010    157
2009    140
2011     92
2012     51
2008     25
2013     24
2014     18
2002     11
2015      8
2016      5
2004      4
2001      4
2007      3
2003      3
2000      2
Name: Closing Date, dtype: int64

利用lxml.objectify解析XML

XML（Extensible Markup Language）是另一种常见的支持分层、嵌套数据以及元数据的结构化数据格式。介绍了pandas.read_html函数,XML和HTML的结构很相似，但XML更为通用。

from lxml import objectify

#先用lxml.objectify解析该文件，然后通过getroot得到该XML文件的根节点的引用
path = 'data/mta_perf/Performance_MNR.xml'
parsed = objectify.parse(open(path))
root = parsed.getroot()

#root.INDICATOR返回一个用于产生各个<INDICATOR>XML元素的生成器。
#对于每条记录，我们可以用标记名（如YTD_ACTUAL）和数据值填充一个字典（排除几个标记）
data = []
skip_fields = ['PARENT_SEQ', 'INDICATOR_SEQ','DESIRED_CHANGE', 'DECIMAL_PLACES']
for elt in root.INDICATOR:
    el_data = {}
    for child in elt.getchildren():
        if child.tag in skip_fields:
            continue
        el_data[child.tag] = child.pyval
    data.append(el_data)

# 最后将数组字典转换为dataFrame
perf = pd.DataFrame(data)
perf.head()

	AGENCY_NAME	CATEGORY	DESCRIPTION	FREQUENCY	INDICATOR_NAME	INDICATOR_UNIT	MONTHLY_ACTUAL	MONTHLY_TARGET	PERIOD_MONTH	PERIOD_YEAR	YTD_ACTUAL	YTD_TARGET
0	Metro-North Railroad	Service Indicators	Percent of commuter trains that arrive at thei...	M	On-Time Performance (West of Hudson)	%	96.9	95	1	2008	96.9	95
1	Metro-North Railroad	Service Indicators	Percent of commuter trains that arrive at thei...	M	On-Time Performance (West of Hudson)	%	95	95	2	2008	96	95
2	Metro-North Railroad	Service Indicators	Percent of commuter trains that arrive at thei...	M	On-Time Performance (West of Hudson)	%	96.9	95	3	2008	96.3	95
3	Metro-North Railroad	Service Indicators	Percent of commuter trains that arrive at thei...	M	On-Time Performance (West of Hudson)	%	98.3	95	4	2008	96.8	95
4	Metro-North Railroad	Service Indicators	Percent of commuter trains that arrive at thei...	M	On-Time Performance (West of Hudson)	%	95.8	95	5	2008	96.6	95

from io import StringIO
tag = '<a href="http://www.google.com">Google</a>'
root  = objectify.parse(StringIO(tag)).getroot()

#接下来就可以访问标签或者链接文本中的任何字段
root

<Element a at 0xcac8a0>

root.get('href')

'http://www.google.com'

root.text

'Google'