题目
http://poj.org/problem?id=3691
解析
水题,AC自动机上的DP。
按照套路,f[i][j]表示长度为i的字符串,匹配到j节点的最少修改次数,那么对于每个节点,枚举每一种碱基,然后acamove这个字符,move到的那个点用这个点的状态转移,f[i][pos]=min(f[i-1][j],f[i][pos)。
代码
//AC自动机上的水题DP
#include <cstdio>
#include <algorithm>
#include <cstring>
#include <queue>
#define maxn 1010
#define inf 0x3f3f3f3f
using namespace std;
int f[maxn][maxn], trie[maxn][10], fail[maxn], tail[maxn], N, L, tot=1, DNA[maxn];
queue<int> q;
void insert(int *s)
{
int pos;
for(pos=1;*s;s++)
pos=trie[pos][*s]?trie[pos][*s]:trie[pos][*s]=++tot;
tail[pos]=1;
}
void acabuild()
{
int u, f, i;
q.push(1);
while(!q.empty())
{
u=q.front(),q.pop();
for(i=1;i<=4;i++)
if(trie[u][i])
{
for(f=fail[u];f and !trie[f][i];f=fail[f]);
fail[trie[u][i]] = f ? trie[f][i] : 1;
tail[trie[u][i]]=tail[trie[u][i]] or tail[fail[trie[u][i]]];
q.push(trie[u][i]);
}
}
}
int acamove(int pos, int c)
{
for(;pos and !trie[pos][c];pos=fail[pos]);
return pos?trie[pos][c]:1;
}
void init()
{
int i, table[300], j;
char s[maxn], *p;
int seg[maxn];
table['A']=1,table['T']=2,table['G']=3,table['C']=4;
for(i=1;i<=N;i++)
{
scanf("%s",s+1);
for(j=1;s[j];j++)seg[j]=table[s[j]];
seg[j]=0;
insert(seg+1);
}
scanf("%s",s+1);
for(j=1;s[j];j++)DNA[j]=table[s[j]];
L=j-1;
acabuild();
}
void DP()
{
int i, j, pos, k;
f[0][1]=0; //f[i][j]字符串长度为i,匹配到了j节点的最少修改次数
for(i=1;i<=L;i++) //处理第i个字符
{
for(j=1;j<=tot;j++)
{
if(tail[j])continue;
for(k=1;k<=4;k++)
{
pos=acamove(j,k);
if(tail[pos])continue;
if(DNA[i]==k)f[i][pos]=min(f[i-1][j],f[i][pos]); //不修改
else f[i][pos]=min(f[i-1][j]+1,f[i][pos]); //修改
}
}
}
}
int main()
{
int ans, i, cnt=0;
while(scanf("%d",&N),N)
{
memset(f,inf,sizeof(f));
memset(trie,0,sizeof(trie));
memset(fail,0,sizeof(fail));
memset(tail,0,sizeof(tail));
tot=1;
init();
DP();
for(ans=inf,i=1;i<=tot;i++)ans=min(ans,f[L][i]);
printf("Case %d: ",++cnt);
if(ans==inf)printf("-1\n");
else printf("%d\n",ans);
}
return 0;
}