poj3691 DNA repair

题目

http://poj.org/problem?id=3691

解析

　　水题，AC自动机上的DP。

　　按照套路，f[i][j]表示长度为i的字符串，匹配到j节点的最少修改次数，那么对于每个节点，枚举每一种碱基，然后acamove这个字符，move到的那个点用这个点的状态转移，f[i][pos]=min(f[i-1][j],f[i][pos)。

代码

//AC自动机上的水题DP 
#include <cstdio>
#include <algorithm>
#include <cstring>
#include <queue>
#define maxn 1010
#define inf 0x3f3f3f3f
using namespace std;
int f[maxn][maxn], trie[maxn][10], fail[maxn], tail[maxn], N, L, tot=1, DNA[maxn];
queue<int> q;
void insert(int *s)
{
	int pos;
	for(pos=1;*s;s++)
		pos=trie[pos][*s]?trie[pos][*s]:trie[pos][*s]=++tot;
	tail[pos]=1;
}
void acabuild()
{
	int u, f, i;
	q.push(1);
	while(!q.empty())
	{
		u=q.front(),q.pop();
		for(i=1;i<=4;i++)
			if(trie[u][i])
			{
				for(f=fail[u];f and !trie[f][i];f=fail[f]);
				fail[trie[u][i]] = f ? trie[f][i] : 1;
				tail[trie[u][i]]=tail[trie[u][i]] or tail[fail[trie[u][i]]];
				q.push(trie[u][i]);
			}
	}
}
int acamove(int pos, int c)
{
	for(;pos and !trie[pos][c];pos=fail[pos]);
	return pos?trie[pos][c]:1;
}
void init()
{
	int i, table[300], j;
	char s[maxn], *p;
	int seg[maxn];
	table['A']=1,table['T']=2,table['G']=3,table['C']=4;
	for(i=1;i<=N;i++)
	{
		scanf("%s",s+1);
		for(j=1;s[j];j++)seg[j]=table[s[j]];
		seg[j]=0;
		insert(seg+1);
	}
	scanf("%s",s+1);
	for(j=1;s[j];j++)DNA[j]=table[s[j]];
	L=j-1;
	acabuild();
}
void DP()
{
	int i, j, pos, k;
	f[0][1]=0;        //f[i][j]字符串长度为i，匹配到了j节点的最少修改次数 
	for(i=1;i<=L;i++)  //处理第i个字符 
	{
		for(j=1;j<=tot;j++)
		{
			if(tail[j])continue;
			for(k=1;k<=4;k++)
			{
				pos=acamove(j,k);
				if(tail[pos])continue;
				if(DNA[i]==k)f[i][pos]=min(f[i-1][j],f[i][pos]);	//不修改 
				else f[i][pos]=min(f[i-1][j]+1,f[i][pos]);			//修改 
			}
		}
	}
}
int main()
{
	int ans, i, cnt=0;
	while(scanf("%d",&N),N)
	{
		memset(f,inf,sizeof(f));
		memset(trie,0,sizeof(trie));
		memset(fail,0,sizeof(fail));
		memset(tail,0,sizeof(tail));
		tot=1;
		init();
		DP();
		for(ans=inf,i=1;i<=tot;i++)ans=min(ans,f[L][i]);
		printf("Case %d: ",++cnt);
		if(ans==inf)printf("-1\n");
		else printf("%d\n",ans);
	}
	return 0;
}