t-sne算法python实现

t-SNE（t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding）是一种非线性降维算法，用于将高维数据映射到低维空间，通常用于数据可视化和聚类分析。t-SNE的主要目标是保持相似性关系，即在高维空间中距离较近的数据点在低维空间中仍然保持较近的距离，而距离较远的数据点在低维空间中仍然保持较远的距离。

以下是t-SNE算法的关键思想和步骤：

1. 计算相似度：首先，计算高维数据中每对数据点之间的相似度。通常使用高斯核函数来衡量相似性，即对每对数据点计算高斯分布的概率密度。相似性矩阵表示了数据点之间的相对关系。

2. 初始化低维嵌入：随机初始化低维空间中的数据点位置，这些点通常是在低维空间中的均匀分布。

3. 定义条件概率分布：对于高维数据和低维嵌入空间，分别计算每对数据点之间的条件概率分布。这些分布衡量了在高维空间中给定数据点之间的相似性时，对应的低维空间中数据点的相似性。

4. 最小化KL散度：t-SNE的主要优化目标是最小化条件概率分布之间的KL散度，以确保高维相似性关系在低维空间中得以保持。这一步骤通常通过梯度下降等优化算法来实现。

5. 迭代：t-SNE通过迭代优化低维嵌入位置，使得在低维空间中的相似性关系逐渐逼近高维空间中的相似性关系。迭代过程中，数据点在低维空间中移动，直到收敛或达到指定的迭代次数。

6. 数据可视化：最终，低维嵌入的结果可以用于可视化高维数据。通过在低维空间中的数据点之间的距离关系，我们可以更好地理解数据的结构和模式。

t-SNE通常用于降维和可视化高维数据，特别适用于聚类分析和异常检测等任务。然而，需要注意的是，t-SNE的计算复杂性较高，对数据的不同初始化和参数选择可能会导致不同的结果，因此需要谨慎使用和解释。

# 导入所需的库
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn import datasets
from sklearn.manifold import TSNE

# 加载Iris数据集 鸢尾花
iris = datasets.load_iris()
X = iris.data
y = iris.target

# 使用t-SNE进行降维
tsne = TSNE(n_components=2, random_state=0)
X_2d = tsne.fit_transform(X)

# 可视化结果
target_ids = range(len(iris.target_names))

plt.figure(figsize=(8, 6), dpi=300)
colors = 'r', 'g', 'b'

for i, c, label in zip(target_ids, colors, iris.target_names):
    plt.scatter(X_2d[y == i, 0], X_2d[y == i, 1], c=c, label=label)

plt.legend()
plt.title('t-SNE Visualization of Iris Dataset')
plt.show()