电路理论景观连通性计算软件Circuitscape详细介绍

Ferryman_0

已于 2024-06-20 11:24:41 修改

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文章标签： arcgis 学习经验分享

于 2024-06-20 11:21:58 首次发布

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1.Circuitscape简介

Circuitscape 是一款基于Julia的景观连通性分析开源软件包，它借鉴了电子电路理论的算法来预测异质景观中动植物种群的运动模式、基因流动和遗传分化。电路理论是对最低成本路径方法的补充，因为它同时考虑了整个景观中所有可能路径的影响。Circuitscape 已迅速成为世界上使用最广泛的连接分析软件包。它被美国众多州、联邦和地方机构以及政府部委和非政府组织用于六大洲的保护规划。它经常出现在PNAS、Nature Genetics、Ecology、Ecological Applications、Ecology Letters、Landscape Ecology、Evolution、Heredity、Bioscience、Molecular Ecology、Conservation Biology等期刊上。

Circuitscape软件有独立的版本（下载链接：https://circuitscape.org/downloads/），也有ArcGIS工具版本（用户手册链接：https://www.renrendoc.com/p-29632214.html）。

2.Circuitscape工作原理

软件面向的连通性建模，一般需要建立在以往的大量研究、数据编译、GIS 分析等基础之上。在使用软件定义要连接的区域、参数化阻力模型以及其他建模决策之前，可以先通过查阅已发布的资源来熟悉连接建模的操作流程，熟悉电路理论在连接建模中的应用。

2.1.两种数据类型：网络和栅格

Circuitscape 可以读取通过链路连接的节点网络或电阻/阻力栅格（如下图）。链接网络和栅格像元的属性具有反映景观促进或阻碍移动的程度的阻力值。网络和栅格图可以编码为电阻/阻力值（值越高表示流动阻力越大）或电导率（电阻的倒数；值越高表示越容易流动）。

下图是Circuitscape使用的网络和栅格数据类型的简单图示。该程序可以在节点网络（左图）或栅格（右图）上运行。栅格像元可以具有任意电阻值。在这里，电阻为零的像元（“短路区域”，可用于表示连续的栖息地斑块）以白色显示，电阻为 1 的像元以灰色显示，具有无限电阻的像元（编码为 NODATA）以黑色显示。

对于栅格，每个具有有限电阻的像元都表示为图形中的一个节点，连接到其四个一阶或八个一阶和二阶相邻像元。具有无限电阻（零电导）的像元将被舍弃。可以使用单独的“短路区域”文件为栖息地斑块或像元集合分配零电阻（无限电导）。这些像元集合将被折叠成一个节点；如下图所示，两个短路区域分别被折叠成一个节点，无限电阻单元将从网络中被完全删除。

2.2.四种可用的计算模式

Circuitscape 有四种运行模式：成对、高级、一对多和多对一。其中，成对模式和高级模式可用于栅格数据类型和网络数据类型；一对多和多对一模式则仅适用于栅格数据。

① 在成对模式下，在单个输入文件中提供给程序的所有焦点节点对（要在它们之间建立连通性的点或区域）之间计算连通性。对于每对焦点节点（focal node），一个节点将任意连接到 1 A 电流源，而另一个节点则将接地。软件将在所有焦点节点对之间迭代计算有效电阻，也可以勾选生成电流图和电压图（.asc格式）。如果有 n 个焦点节点，则将有 n（n - 1）/ 2 个计算；如果使用焦点（每个焦点节点只有一个像元）并且不映射电流或电压，那么就可以只进行 n 次计算（更快）。

② 高级模式在定义电流源和目标方面提供了更大的灵活性。用户在网络或栅格景观中定义任意数量的电流源和任意数量的接地点，并且这些都同时被激活。源表示电流流出的点或区域，而接地点则表示电流离开系统的节点。源节点可以具有不同的强度（即向网络或栅格注入或多或少的电流），并且接地节点允许以任何电阻连接到地面。电流源和接地点应在单独的输入文件中提供。

③ 一对多模式类似于成对模式，并采用相同的输入文件。但是，此模式不是遍历所有焦点节点对，而是遍历所有焦点节点。在每次迭代中，一个焦点节点连接到一个 1 A 电流源，而所有剩余的焦点节点都接地。如果有 n 个焦点节点，则将有 n 个计算。

④ 多对一模式类似于一对多模式，并采用相同的输入文件。但是，在这种模式下，Circuitscape 将一个焦点节点接地，而将所有剩余的焦点节点连接到 1 A 电流源。然后，它对每个焦点节点重复该过程；如果有 n 个焦点节点，则将有 n 个计算。

通过上述途径，Circuitscape可以生成地图，以显示每种运行设置下每个节点或单元的电流密度和电压（以及网络中每个链路/电阻的电流）。此外，Circuitscape 会写入一个文件，报告成对模式下所有焦点节点对之间的有效电阻，以及一对多模式下每个节点与接地之间的有效电阻。多对一模式下的电阻是未定义的，因此写入一个文件，其中零表示求解成功。

2.3.网络数据分析图示

对于网络数据类型，任何节点都可以通过电阻器连接到任何其他节点。如下图示例网络，该网络将作为文本列表输入，指定每对连接节点（0-1、1-2、1-3、2-3 和 2-4）之间的电阻。

成对分析将提供一个焦点节点列表（包含至少两个节点号，可以多达五个，即电路中的节点数）以在它们之间执行计算。Circuitscape 将遍历焦点节点列表中的节点对。如果节点 0 和节点 4 位于焦点节点列表中，则其中一个迭代将如下图所示，其中 1 A 电流源连接到一个节点，另一个接地。电流将流经网络从电源流向地面。可以为每次迭代写入分支电流、节点电流、节点电压和节点对之间的有效电阻。