电路理论景观连通性计算软件Circuitscape详细介绍

1.Circuitscape简介

Circuitscape 是一款基于Julia的景观连通性分析开源软件包，它借鉴了电子电路理论的算法来预测异质景观中动植物种群的运动模式、基因流动和遗传分化。电路理论是对最低成本路径方法的补充，因为它同时考虑了整个景观中所有可能路径的影响。Circuitscape 已迅速成为世界上使用最广泛的连接分析软件包。它被美国众多州、联邦和地方机构以及政府部委和非政府组织用于六大洲的保护规划。它经常出现在PNAS、Nature Genetics、Ecology、Ecological Applications、Ecology Letters、Landscape Ecology、Evolution、Heredity、Bioscience、Molecular Ecology、Conservation Biology等期刊上。

Circuitscape软件有独立的版本（下载链接：https://circuitscape.org/downloads/），也有ArcGIS工具版本（用户手册链接：https://www.renrendoc.com/p-29632214.html）。

2.Circuitscape工作原理

软件面向的连通性建模，一般需要建立在以往的大量研究、数据编译、GIS 分析等基础之上。在使用软件定义要连接的区域、参数化阻力模型以及其他建模决策之前，可以先通过查阅已发布的资源来熟悉连接建模的操作流程，熟悉电路理论在连接建模中的应用。

  2.1.两种数据类型：网络和栅格

Circuitscape 可以读取通过链路连接的节点网络或电阻/阻力栅格（如下图）。链接网络和栅格像元的属性具有反映景观促进或阻碍移动的程度的阻力值。网络和栅格图可以编码为电阻/阻力值（值越高表示流动阻力越大）或电导率（电阻的倒数；值越高表示越容易流动）。

下图是Circuitscape使用的网络和栅格数据类型的简单图示。该程序可以在节点网络（左图）或栅格（右图）上运行。栅格像元可以具有任意电阻值。在这里，电阻为零的像元（“短路区域”，可用于表示连续的栖息地斑块）以白色显示，电阻为 1 的像元以灰色显示，具有无限电阻的像元（编码为 NODATA）以黑色显示。

对于栅格，每个具有有限电阻的像元都表示为图形中的一个节点，连接到其四个一阶或八个一阶和二阶相邻像元。具有无限电阻（零电导）的像元将被舍弃。可以使用单独的“短路区域”文件为栖息地斑块或像元集合分配零电阻（无限电导）。这些像元集合将被折叠成一个节点；如下图所示，两个短路区域分别被折叠成一个节点，无限电阻单元将从网络中被完全删除。

  2.2.四种可用的计算模式

Circuitscape 有四种运行模式：成对、高级、一对多和多对一。其中，成对模式和高级模式可用于栅格数据类型和网络数据类型；一对多和多对一模式则仅适用于栅格数据。

① 在成对模式下，在单个输入文件中提供给程序的所有焦点节点对（要在它们之间建立连通性的点或区域）之间计算连通性。对于每对焦点节点（focal node），一个节点将任意连接到 1 A 电流源，而另一个节点则将接地。软件将在所有焦点节点对之间迭代计算有效电阻，也可以勾选生成电流图和电压图（.asc格式）。如果有 n 个焦点节点，则将有 n（n - 1）/ 2 个计算；如果使用焦点（每个焦点节点只有一个像元）并且不映射电流或电压，那么就可以只进行 n  次计算（更快）。

② 高级模式在定义电流源和目标方面提供了更大的灵活性。用户在网络或栅格景观中定义任意数量的电流源和任意数量的接地点，并且这些都同时被激活。源表示电流流出的点或区域，而接地点则表示电流离开系统的节点。源节点可以具有不同的强度（即向网络或栅格注入或多或少的电流），并且接地节点允许以任何电阻连接到地面。电流源和接地点应在单独的输入文件中提供。

③ 一对多模式类似于成对模式，并采用相同的输入文件。但是，此模式不是遍历所有焦点节点对，而是遍历所有焦点节点。在每次迭代中，一个焦点节点连接到一个 1 A 电流源，而所有剩余的焦点节点都接地。如果有 n 个焦点节点，则将有 n 个计算。

④ 多对一模式类似于一对多模式，并采用相同的输入文件。但是，在这种模式下，Circuitscape 将一个焦点节点接地，而将所有剩余的焦点节点连接到 1 A 电流源。然后，它对每个焦点节点重复该过程；如果有 n 个焦点节点，则将有 n 个计算。

通过上述途径，Circuitscape可以生成地图，以显示每种运行设置下每个节点或单元的电流密度和电压（以及网络中每个链路/电阻的电流）。此外，Circuitscape 会写入一个文件，报告成对模式下所有焦点节点对之间的有效电阻，以及一对多模式下每个节点与接地之间的有效电阻。多对一模式下的电阻是未定义的，因此写入一个文件，其中零表示求解成功。

  2.3.网络数据分析图示

对于网络数据类型，任何节点都可以通过电阻器连接到任何其他节点。如下图示例网络，该网络将作为文本列表输入，指定每对连接节点（0-1、1-2、1-3、2-3 和 2-4）之间的电阻。

成对分析将提供一个焦点节点列表（包含至少两个节点号，可以多达五个，即电路中的节点数）以在它们之间执行计算。Circuitscape 将遍历焦点节点列表中的节点对。如果节点 0 和节点 4 位于焦点节点列表中，则其中一个迭代将如下图所示，其中 1 A 电流源连接到一个节点，另一个接地。电流将流经网络从电源流向地面。可以为每次迭代写入分支电流、节点电流、节点电压和节点对之间的有效电阻。

高级模式则可以增加更多的复杂性，该模式允许同时激活任意数量的源和接地。例如，我们可以通过在节点 0 处添加单个固定源并添加多个具有不同电阻的接地来修改上面的电路。电流源和接地将被输入到单独的文件中。如下图所示，任何节点都可以直接或通过任何值的电阻器连接到电流源或接地。

然后可以计算通过所有节点和链路的电流（如下图所示），并且可以计算每个节点的电压。

  2.4.栅格数据分析图示

成对模式、一对多模式和多对一模式的栅格输入文件示例如下图，此示例中的输入文件包括指定每个像元的电阻或电导的阻力图、焦点节点位置文件（在本例中具有两个焦点区域和一个焦点）以及可选的短路区域图。焦点区域和短路区域表示电阻为零的区域。具有相同区域 ID 的像元被视为完全连接，并折叠到单个节点中，即使它们不连续。

下图是成对模式分析的示意图。软件将进行三组成对计算，涉及焦点节点1和2、节点1和3以及节点2和3。每对焦点节点中的一个节点将连接到 1 A 电流源，另一个节点则接地。焦点区域节点在激活时会变成短路区域（例如，场景 1 中的节点 1），但当节点未激活时，这些区域不存在（例如，场景 3 中的节点 1）。

下图是一对多模式分析的示意图。软件将进行三组计算，涉及焦点节点 1、2 和 3。在每一组计算之中，一个节点将连接到一个 1 安培的电流源，另外两个节点将接地。多对一模式与此类似，但箭头方向相反，也即是一个节点接地，其余节点连接到一个 1 安培的电流源。

下图是高级模式的栅格输入文件示例，这需要独立的电流源和接地点文件。该例子中的电流源具有不同的“强度”，并且接地节点以不同的电阻水平连接到地。此示例还包括一个具有五个短路区域的可选网格。

下图的前两个面板显示了输入文件产生的“有效”配置。由于电流源 C 和接地 D 和 E 与短路区域重叠，因此这些短路区域本身实际上成为源或接地点。最右边的小图显示了结果分析的示意图，其中同时激活了所有源（白点和多边形）和接地点（黑点和多边形）。其中，电流源可能是负的（从系统中吸取电流），当存在负源时，接地节点实际上可以向系统提供电流。

3.Circuitscape运行流程和选项

这里以Circuitscape软件的独立版本为例。

  3.1.选择输入数据类型

第一步是选择输入数据为网络数据还是栅格数据。

  3.2.选择模型运行模式

在四种运行模式中选择一种：成对、高级、一对多和多对一模式。其中，成对模式和高级模式可用于栅格数据类型和网络数据类型；一对多和多对一模式则仅适用于栅格数据。

  3.3.选择栅格阻力图或网络/图形

阻力图文件指定了网络里面景观或链路中每个像元承载电流的能力。这里还可以选择阻力图的像元数值表示的是电阻（resistances）还是电导（conductances），若勾选下面的方框，则指定阻力图的数值为电导（电导是电阻的倒数，值越高表示越容易发生流动）。需要注意的是，电导和电阻的零值和无限值代表特殊情况。无限电阻在输入电阻网格时编码为NODATA值，或在输入电导网格时编码为0或NODATA；它们被视为完全屏障，并与所有其他像元断开连接。对于栅格分析，可以使用单独的短路区域文件指定具有零电阻（无限电导）的像元。

  3.4.成对、一对多和多对一模式选项

此输入文件指定要计算有效电阻和电流的节点的位置。每个焦点节点都应具有唯一的正整数 ID。文件可以是指定坐标或适当栅格形式的文本列表（.asc/.txt）。使用网格时，网格必须具有与电阻网格相同的像元大小和图像范围。存储在每个网格像元位置的值是代表焦点节点的 ID。不包含焦点节点的像元应使用 NODATA 值进行编码。使用文本列表时，值字段引用焦点节点 ID。

对于栅格分析，焦点节点可能出现在点（电阻网格上的单个像元）或跨区域。对于后者，单个 ID 将占据网格中的多个像元或文本列表中的多对坐标（并且位于基础阻力网格中的多个像元内）。然后，单个区域内的像元将被折叠成单个节点，就像使用短路区域文件时一样（见下文）。不同之处在于，焦点区域将“烧入（burned in）”电阻网格，仅用于包含该焦点节点的成对计算。与短路区域一样，焦点区域不需要由连续的像元组成。对于大型网格或大量焦点节点，焦点区域可能需要更多的计算时间。在计算大型栅格上的电阻且不创建电压或电流图时，焦点的运行速度会快得多。

在 Mac OS X 和 Linux 系统上（Windows系统不支持），当使用焦点而不是焦点区域时，Circuitscape 还可以并行运行成对模式的迭代，可选择要用于 Circuitscape 运行的处理器数量。

  3.5.高级模式选项

在高级模式选项栏里，电流源（Current source）文件指定了电流源的位置和强度（以安培为单位），可以是栅格或文本列表。栅格必须具有与电阻格网相同的像元大小、投影和范围，并且不包含电流源的像元应使用 NODATA 值进行编码。需注意的是，电流源可以是正的或负的（即，它们可以将电流注入电网或吸出电网）。同样，接地点既可以用作电流的吸收器，也可以在电网中存在负电流源时提供电流。

接地点（Ground point）文件则指定接地节点的位置以及将它们连接到地面的电阻或电导，可以是栅格或文本列表。栅格必须具有与阻力格网相同的像元大小、投影和范围，并且不包含地面的像元应使用 NODATA 值进行编码。需注意的是，如果直接 （R = 0） 接地连接与电流源冲突，除非选择“选项窗口”中的“删除源”选项，否则接地将被移除。

同样地，这里也可以通过勾选方框，来指定数据表示电导（电导是电阻的倒数，值越高表示越容易发生流动）而不是接地电阻。选中此框意味着接地点文件根据电导指定与接地的连接。要将像元直接连接到地面，应使用电阻作为数据类型，并将相应接地点文件中的值设置为零。

  3.6.输出选项

在输出选项栏中，可以选择输出文件的路径和基本文件名称。电阻、电流图、电压图和配置文件（保存用户界面设置，并具有 .ini 扩展名）都将使用此基本名称以及相应的后缀和扩展名。

若勾选创建电流地图（Current maps），将为成对模式下的每对焦点节点或高级模式中指定的电流源和接地设置生成电流地图。电流地图的尺寸与原始输入文件相同，每个节点（像元）上的值表示流经该节点的电流量。在成对模式下，将为每一对焦点节点对创建一个当前映射文件，并且还将写入一个累积（加和）文件。需注意的是，对于一对给定的焦点节点，由于对称性，无论哪个节点是源，哪个节点是接地点，电流图都是相同的。在高级模式下，将编写一张地图，显示输入文件中的当前源和接地设置产生的每个像元的电流密度。输出文件可以在GIS平台中显示，电流地图可用于确定对联络点之间连通性贡献最大的区域。  对应到实际景观中，电流量/电流密度高的区域可以代表核心栖息地斑块（即焦点区域）之间的重要连通性区域；电流量/电流密度低的区域则代表连接薄弱的地方。在ArcGIS中展示电流地图时，使用分位数分类方案（quantile classification schemes）或“直方图均衡（histogram equalize）”延伸往往较为合适。

若勾选创建电压地图（Voltage maps），则对于成对模式，电压地图将给出当一个节点连接到 1 A 电流源、另一个节点接地时，每个焦点节点对观察到的节点电压；对于高级模式，电压地图将显示输入文件中电流源和接地设置产生的每个像元的电压值。

  3.7.计算选项

在Circuitscape软件界面按“Alt+M”或点击“Options”菜单按钮，即可弹出“更多设置”窗口，其中包括“计算选项”、“绘图选项”和“可选输入文件”。

在“计算选项”栏，可以进行如下图所示的几种设置。

①将栅格像元连接到4个相邻节点而不是8个相邻节点：对于栅格操作，Circuitscape 通过将像元连接到其4个或8个直接相邻单元来创建图形/网络。默认值为 8（4 个基数邻域和 4 个对角线邻域），但如果只想将像元连接到其 4 个基数邻域，可以选中此框。

②使用平均电导而不是电阻进行像元之间的连接：对于栅格操作，此选择决定了像元是按其平均电阻还是按其平均电导连接。大部分情况下使用默认值（未选中）即可。  但当连接具有零或无限值的像元时，这种区别就显得尤为重要：当使用平均电阻时，由电阻器连接的一阶邻域的电阻由下式给出：Rab = （Ra + Rb） / 2，二阶（对角线）邻域由电阻连接，电阻由下式给出：Rab = sqrt（2） * （Ra + Rb） / 2，其中 Ra 和 Rb是相邻像元的电阻。当使用平均电导时，一阶邻域由电阻连接，电导（电阻的倒数）由下式给出：Gab = （Ga + Gb） / 2，二阶（对角线）邻域由电阻器连接，电阻由下式给出：Gab = （Ga + Gb） / （2 * sqrt（2）），其中 Ga 和 Gb是相邻像元的电导（如上所述，电阻和电导是相互的倒数，即 Gab = 1 / Rab）。

③高级模式：对所有电流源使用单位电流（i=1）：表示所有电流源都将设置为 1 A，无论当前源输入文件中指定的值如何。

④高级模式：对所有接地点使用直接接地（R=0）：表示所有接地像元都将直接接地，无论输入接地文件中指定的值如何。

⑤高级模式：当源和接地位于同一节点时：每当像元同时连接到电流源和接地时，此选择将决定是移除电源、移除接地、移除两者还是保留两者。对于后者，如果电源直接接地（即电阻为零），则接地连接将被移除。

  3.8.绘图选项

在“绘图选项”栏，可以进行如下图所示的几种设置。

①写入电流地图的最大值：在成对、一对多和多对一模式下，每次迭代都会创建电流地图。默认情况下，Circuitscape 还将编写一个累积地图，显示所有迭代中每个节点或像元的值之和。如果选中此选项，则会输出一个额外的地图，用于显示迭代中每个节点或像元的最大电流值。

②仅写入累积和最大电流地图：将计算每对焦点节点对（或在一对多和多对一模式中计算每个焦点节点）之间的电流地图，但仅输出所有计算中的一个电流总和图（如果选中选项①，则还有最大电流值地图），而不会将迭代过程的每个地图都输出（若只需结果图而无需过程图，可勾选此项）。

③将焦点节点电流设置为零：以成对、一对多和多对一模式运行栅格数据时，焦点节点在激活时输出地图中的电流为零。对于成对模式，累积图仍将显示流经焦点区域的电流，这是由于其他焦点对被激活而产生的。这有助于显示流经焦点区域的电流，因为它在累积电流图中的其他焦点区域之间移动。这种电流通过焦点区域可以说明焦点区域对于连接其他焦点区域对的重要性。

④压缩输出网格：输出的 ASCII 网格将使用 gzip 文件格式自动压缩。在需要输出许多大型地图的情况下，可以勾选此项。

⑤对数转换电流地图：输出电流地图中的值将是电流密度的 log10 变换，这有助于在某些 GIS 包（例如 ArcView 3.X）中对电流地图进行可视化。电流为零的像元将使用 NODATA 值重新编码。

  3.9.可选输入文件

在“可选输入文件”栏，可以进行如下图所示的几种设置。

①读取栅格掩膜文件：选中后，将打开一个交互窗口以选择栅格掩膜文件。掩模中具有负值、零值或 NODATA 值的像元将从相应的阻力图中删除（即被视为完全屏障）。将保留正整数像元。文件应仅包含整数，并且采用栅格格式。

②加载栅格短路区域地图：短路区域代表零电阻区域斑块，当电流流过景观时，电流可以通过这些斑块“搭便车”。每个短路区域应具有唯一的正整数标识符；每个区域内的像元与该区域中的所有其他像元（包括不相邻的像元）合并到单个节点中（即区域不必是连续的）。非短路区域应存储为 NODATA 值。文件必须具有与阻力栅格相同的像元大小和范围。

③一对多和多对一模式下读取源强度文件：选中后，将打开一个交互窗口用于选择焦点节点 ID 和相应源强度的文本列表。对于此列表中的任何焦点节点，当该节点是源节点时，注入该节点的电流量将设置为列表中指定的强度。列表中的所有节点将默认为 1 A。这应该采用与下面给出的文本列表文件格式相同的文件格式，但有两列（ID 后跟源强度）。文件应具有 .txt 扩展名。

④读取包含/排除焦点节点对的文件：此选项允许仅对焦点节点对的子集执行计算。软件可以识别文件的第一行所表示的要包含在计算中的对或者要排除的对。这会影响除高级模式之外的所有模式。文件应采用制表符分隔的.txt文本格式（参阅下面的输入文件格式部分中的格式信息）。

4.Circuitscape输入数据的格式

  4.1.输入栅格的格式

栅格输入地图应存储在 GeoTIFF 格式的 Arc/Info ASCII 网格中，并由标准 GIS 包导出。对于焦点节点，存储在每个像元位置的值代表焦点节点 ID，单个 ID 可以占用多个像元（ID 必须为正整数）。对于电流源，像元值指定以安培为单位的源强度。对于接地点，像元值指定将每个接地节点连接到地的电阻或电导。

ASCII 栅格格式如下：

页眉：

ncols        <Number of columns>
nrows        <Number of rows>
xllcorner    <X coordinate of lower left corner>
yllcorner    <Y coordinate of lower left corner>
cellsize     <size of each cell>
NODATA_value <Code for cells with no habitat, focal nodes, sources or grounds>

 正文（栅格数据）：

纯数值数据。列用制表符分隔，行用换行符分隔。

完整的栅格输入数据示例如下：

① 10✖10的阻力图，该数据将具有无限电阻的像元值设置为 NODATA （-9999）。

ncols         10
nrows         10
xllcorner     1
yllcorner     1
cellsize      1
NODATA_value  -9999
130    168    153    -9999  14     12    13     107    140    171
104    3      2      -9999  13     158   12     14     13     114
124    2      2      12     -9999  -9999 13     161    4      5
184    5      4      14     13     14    -9999  13     4      4
105    143    103    169    -9999  115   10     -9999  166    14
187    1      163    188    121    142   14     175    -9999  10
198    11     110    115    149    2     2      164    3      -9999
100    11     193    14     12     4     2      1      11     13
-9999  11     12     11     10     12    167    157    181    157
-9999  -9999  122    134    12     157   192    184    190    172

② 10✖10的焦点区域地图，该数据中多组像元被编码为焦点区域，它们将被视为“核心区域多边形”，以便在电路分析中连接。当每个焦点区域在成对、一对多或多对一模式中被激活时，该区域内的所有像元都将折叠成单个节点（非连续像元#1也会被折叠）。短路区域文件格式也与此相同。

ncols                10
nrows                10
xllcorner            1
yllcorner            1
cellsize             1
NODATA_value -9999
-9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999
-9999  1      1      -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999
-9999  1      1      -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  3      3
-9999  1      1      -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  3      3
-9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999
-9999  1      -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999
-9999  -9999  -9999  -9999   2      2     -9999  -9999  -9999  -9999
-9999  -9999  -9999  -9999   2      2      2     -9999  -9999  -9999
-9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999
-9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999  -9999   -9999

需注意的是，在上面的阻力图中，区域 1 和 2 通过低阻力廊道紧密相连。仅当单元连接到其八个邻居时，区域 3 才会连接到其他两个区域。在四邻的情况下，区域 3 将完全隔离。

4.2.输入网络的格式

对于网络/图形输入数据，电阻网络、焦点节点、电流源和接地应存储为文本列表（使用“.txt”扩展名保存）。在文本列表中，使用三列数值指定电阻器网络；其中，第一列和第二列给出通过电阻器连接的节点 ID，第三列给出电阻值。例如，简单电路：

可以由以下文本列表定义：

    0    1    1
    1    2    1
    1    3    1
    2    4    1
    3    4    1

需注意的是，每对连接节点通常应该只有一个条目。如果一对电阻有两个条目，分别为 （node1， node2， value1） 和 （node2， node1， value2），则它们将被视为并联电阻，并且它们的电导将被相加。例如，如果上面的文本列表有一个额外的节点对 （4， 3） 条目，如下所示：

    0    1    1
    1    2    1
    1    3    1
    2    4    1
    3    4    1
    4    3    1

那么结果图中节点 3 和 4 之间的电阻为 1/2 欧姆。

对于高级模式，电流源和接地点也存储为文本列表。上述电路可以扩展为包括一个电流源和带有两个额外输入文件的接地。例如，我们可以在节点 0 添加一个 1 A 的电流源，其文件如下所示：

    0    1

要将节点 4 直接接地（即用电阻为 0 欧姆的导线将其接地）并用电阻器将其余节点接地，则可以使用如下所示的文件：

    0    99
    1    33
    2    49.5
    3    49.5
    4    0

生成的电路如下所示：

对于栅格操作，也可以将焦点节点、电流源和接地点存储为文本列表（使用“.txt”扩展名保存）。对于文本列表中引用的每个节点，指定一个值以及 X 和 Y 坐标，如下所示：

    Value1 X1 Y1
    Value2 X2 Y2
    …

上面的 X 和 Y 是地理坐标，而不是行号和列号。示例文本列表如下（对于焦点区域，坐标表示质心的位置）：

    1    2.5    9.5
    1    3.5    9.5
    1    2.5    8.5
    1    3.5    8.5
    1    2.5    7.5  
    1    3.5    7.5
    1    2.5    5.5
    2    6.5    4.5
    ...

对于焦点节点，值字段引用焦点节点 ID；值必须为正整数，并且单个 ID 可以占用多对坐标（以及基础阻力网格中的多个像元）。对于电流源，值字段引用以安培为单位的源强度。对于接地点，值字段引用将每个接地节点连接到地的电阻或电导（在“选项”中设置）。

  4.3.包含/排除文件的格式

当选中“读取要包含/排除的焦点节点对的文件”选项时，将需要输入此文件，并影响除高级模式以外的所有模式。可以使用两种文件格式。

① 第一种是最简单的，它给出了计算中要包含（或要排除）的对列表（在文件的第一行指定包含（include）或排除（exclude）即可）。例如，如果有五个焦点节点，编号为 1-5，并且输入以下列表，则仅分析对 （1,2）、（1,3） 和 （1,5）：

mode    include
1        2
1        3
1        5

同样，如果上述文件中的第一行为：

mode     exclude

则将分析除 （1,2）、（1,3） 和 （1,5） 之外的所有对。

② 第二种方法使用矩阵来标识要连接的焦点节点对。该文件指定矩阵中的最小值和最大值，以考虑连接的对。当与距离矩阵一起使用时，此方法非常有用，以便仅在以最小距离或距离等于或小于最大距离分隔的点之间运行分析。需注意的是，任何不在矩阵中的焦点节点都将从分析中删除。对角线上的条目将被忽略。例如，在下面的矩阵中，仅连接条目介于 2 和 50 之间的对。不会分析对 （1,2）、（2,4） 和 （3,4）。焦点节点 5 则将被完全删除：

min    2
max    50
0     1     2     3     4     5    
1     0     100   6.67  7     1    
2     100   0     11    1     60
3     6.67  11    0     -1    100    
4     7     1     -1    0     0
5     1     60     100  0     0

确保在矩阵的左上角包含一个零。文件应采用制表符分隔的文本，扩展名为.txt。

5.Circuitscape输出的文件

  5.1.电流和电压数据

网络的电流和电压数据将以文本列表格式编写。

使用 ArcGIS 工具箱时，电流和电压图将以用户选择的栅格格式编写。

不使用 ArcGIS 工具箱时（即使用独立软件），电压和电流地图以使用上述 ASCII 栅格格式输出。

  5.2.阻力数据

电阻数据以 3 列矩阵的格式编写。

以下是写入输出目录的八邻域的成对电阻（使用每个像元电阻和平均电阻进行像元连接计算）。第一行和第一列包含焦点节点 ID：

  0          1            2            3  
  1          0            11.93688471  15.03634473
  2          11.93688471  0            11.57640568
  3          15.03634473  11.57640568  0

以下是写入输出目录的四邻域的成对电阻，其中焦点节点 3 完全隔离（-1 表示无限电阻）：

  0          1            2            3  
  1          0            33.55792693  -1
  2          33.55792693  0            -1
  3          -1           -1           0

为方便起见，电阻也以 3 列格式写入单独的文件，例如：

  1      2       33.55792693           
  1      3       -1
  2      3       -1

6.关于Circuitscape的其他小Tips

（1）输入栅格数据的坐标系、范围大小都要统一，否则会报错；

（2）路径名不要有中文；

（3）单独安装ArcGIS Circuitscape Toolbox可能无法使用，还需要安装Circuitscape独立软件版本以提供可调用的执行程序；

（4）Circuitscape独立软件的4.0版本只需要安装应用程序，5.0版本则需要安装Julia编程语言；

（5）Circuitscape可以与Linkage Mapper工具搭配使用，它们使用的方法和输出结果都有所不同；另外，还有Pinchpoint Mapper工具（识别生态夹点）和Barrier Mapper工具（识别生态障碍点）也需要调用Circuitscape。

有关Circuitscape的使用经验和问题讨论，大家也可以写在评论区哦~