Liunx 安装 Miniconda与Python环境

在国内从官网上下载安装包会比较慢，下载最新版容易，过往版本不易寻找。生信软件一般建议使用过往的稳定版本，尤其是公司集群的系统版本低，很容易版本不匹配。推荐从清华大学的源下载。

下载

 ## anaconda的官网地址  

     https://www.anaconda.com/products/individual

## 清华源anaconda、 miniconda 的过往版本       

     https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/

     https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

## 选择适合自己的版本后，用wget下载

>> wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh

 ##  如果网站证书已过期，需要增加参数--no-check-certificate下载

>>wget  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate安装

按照如下命令执行，安装软件。

 chmod 755  Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh

 sh Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh

不能像其他软件安装一样，一路yes，有几个地方需要注意。

1. 接受软件安装条款

 2. 指定软件安装目录
  指定在Software目录下安装该软件，会自动生成Software/Miniconda文件夹，软件内容在此目录下。注意，安装前不能存在"Miniconda"文件夹，否则会报错’directory xxx already exists’，切记。

 3.拒绝把conda加入环境变量

        不将conda加入.bashrc 不会影响 后续的使用，后续决定权在你且问题可控。如果每个人都默认加入，每次登陆时会默认激活conda的base环境，这会导致集群登录很卡。如果之前有安装conda，且将大量的软件直接安装在conda的base环境 或者 账号是公用账号，可能会把你 原来设置好的环境改变，影响部分软件、脚本的正常运行，得不偿失。

 启动conda

  激活conda，进入自带的base基础环

## 激活conda,进入base环境   source activate

## 如果无法执行，可以考虑修改Miniconda/bin/activate的权限为755

## 如果还不能激活 source  ~/.bashrc     后在conda activate env_name

## 查看conda的安装路径

        which conda

## 推出base环境

   conda deactivate

创建虚拟环境及安装对应应用包

conda create -n your_env_name python=x.x    例：conda create --name py27 python=2.7

进入环境： conda activate py27

安装包：pip install 包名    例： pip install pymysql

注意安装mysqlDB时无法安装，用 conda install mysql-python进行安装即可