linux系统部署miniconda环境
miniconda下载
清华大学开源软件镜像站|Tsinghua Open Source Mirror
miniconda安装与环境部署
- 下载最新miniconda-linuxX86-64位版本,或复制链接,使用终端
wget
方法下载
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
- 终端运行命令安装miniconda
bash Miniconda3-py39_23.5.2-0-linux-x86_64.sh
- 为安装好的miniconda配置环境变量
vi ~/.bashrc # 编辑环境变量文件,添加如下代码,路径为miniconda的安装路径
export PATH="/home/xxx/miniconda/bin:$PATH"
-
此时进入终端,
conda
命令已经可以自动补全 -
查看conda环境配置
conda config --show
发现没有国内下载源,也没有bioconda源
- 配置国内源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/clouconda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
- 创建conda工作环境
本人使用的环境对python版本有要求,可根据自己需求安装不同版本的python
conda create -n ran-seq python=2 bwa
用于转录组分析的软件大部分为python2版本,如bwa
环境安装好之后,命令行输入bwa
,没有该命令,是因为现在还在linux基本环境,不在新创建的环境里
- 激活新创建的环境
conda activate rna-seq
此时输入bwa,命令行已经可以自动补全
miniconda环境已经搭建好了。