poj3294Life Forms（后缀数组）

题意：输入n个DNA序列，你的任务是求出一个长度最大的字符串，使得它在超过一半的DNA序列中连续出现。如果有多解，按照字典序从小到大输出所有解。
【输入格式】
输入包含多组数据。每组数据第一行为DNA串的个数n（1<=n<=100），以下n行每行为一个由不超过1000个小写字母组成的非空字符串。输入结束标志为n=0。
【输出格式】
对于每组数据，输出所有解，按照字典序从小到大排列。如果无解，输出一行”?”(不包含引号)
这道题是大白书上面的后缀数组的一道例题，具体思路看大白书。
代码如下：

#include <iostream>
#include<stdio.h>
#include<string.h>
#define maxn 1000005
using namespace std;
char s[maxn];
int ss[maxn];
int sa[maxn],t[maxn],t2[maxn],c[maxn],n;
bool vis[105];
int ans[maxn],len[105];
void build_sa(int m)
{
    int i,*x=t,*y=t2;
    for( i=0; i<m; i++)c[i]=0;
    for( i=0; i<n; i++)c[x[i]=ss[i]]++;
    for( i=1; i<m; i++)c[i]+=c[i-1];
    for( i=n-1; i>=0; i--)sa[--c[x[i]]]=i;
    for(int k=1; k<=n; k<<=1)
    {
        int p=0;
        for( i=n-k; i<n; i++)y[p++]=i;
        for(i=0; i<n; i++)if(sa[i]>=k)y[p++]=sa[i]-k;
        for(i=0; i<m; i++)c[i]=0;
        for(i=0; i<n; i++)c[x[y[i]]]++;
        for(i=0; i<m; i++)c[i]+=c[i-1];
        for(i=n-1; i>=0; i--)sa[--c[x[y[i]]]]=y[i];
        swap(x,y);
        p=1;
        x[sa[0]]=0;
        for(int i=1; i<n; i++)
        {
            x[sa[i]]=y[sa[i-1]]==y[sa[i]]&&y[sa[i-1]+k]==y[sa[i]+k]?p-1:p++;
        }
        if(p>=n)break;
        m=p;
    }
}
int Rank[maxn],height[maxn];
void getheight(int num)
{
    int i,j,k=0;
    for(i=0; i<num; i++)Rank[sa[i]]=i;
    for(i=0; i<num; i++)
    {
        if(k)k--;
        else
            k=0;
        j=sa[Rank[i]-1];
        while(ss[i+k]==ss[j+k])k++;
        height[Rank[i]]=k;
    }
}
int check(int mid,int n,int t)
{
    memset(vis,false,sizeof(vis));
    int temp=0,ssize=0;
    for(int i=1; i<=n; i++)
    {
        if(height[i]>=mid)//按照大白书上所讲的，当height[i]<mid时开启新段
        {
            for(int j=1; j<=t; j++)
            {
                //检查相邻两个后缀是否有相同前缀并且这个前缀属于j串
                if(sa[i]>len[j-1]&&sa[i]<len[j]&&!vis[j])
                {
                    temp++;
                    vis[j]=true;
                }
                if(sa[i-1]>len[j-1]&&sa[i-1]<len[j]&&!vis[j])
                {
                    temp++;
                    vis[j]=true;
                }
            }
        }
        else
        {
            if(temp>t/2)ans[++ssize]=sa[i-1];
            temp=0;
            memset(vis,false,sizeof(vis));
        }
    }
    if(temp>t/2) ans[++ssize] = sa[n];
    if(ssize)
    {
        ans[0]=ssize;
        return 1;
    }
    return 0;
}
int main()
{
    int t;
    int flag=0;
    while(scanf("%d",&t),t)
    {
        n=0;
        int ssize=0;
        for(int i=1; i<=t; i++)
        {
            scanf("%s",s+n);
            for(; s[n]!='\0'; n++)
                ss[n]=s[n];
            ss[n]='#'+i;
            len[++ssize]=n;
            n++;
        }
        int l=1,r=n,mid;
        build_sa(255);
        getheight(n);
        while(l<=r)
        {
            mid=(l+r)/2;
            if(check(mid,n,t))
                l=mid+1;
            else
                r=mid-1;
        }
        if(flag)
            printf("\n");
            flag=1;
        if(l==1)
            printf("?\n");
        else
        {
            for(int i=1; i<=ans[0]; i++)//ans[0]记录有多少个答案
            {
                for(int j=ans[i]; j<ans[i]+l-1; j++)
                   printf("%c",ss[j]);
                printf("\n");
            }
        }

    }
    return 0;
}