SPECFEM2D软件包在Unix机器上可以轻松运行,若在Windows安装SPECFEM2D软件包,则需要在Windows系统内安装Docker或VirtualBox(在VirtualBox中安装Linux),并从内部轻松运行。 接下来详细介绍了最基础的小白安装教程,同时选择的是Ubuntu的Linux操作系统。
一、 下载安装文件
1. 下载Virtual box文件
下载链接:https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads
若电脑为Windows系统,则下载Windows hosts版本
2. 下载Ubuntu系统文件
下载链接:http://mirrors.aliyun.com/ubuntu-releases/14.04/
选择ubuntu-14.04.6-desktop-amd64.iso (当电脑Windows系统为64位时)
3. 安装Virtual box
Virtual box安装完毕
二、 新建虚拟机
运行virtual box,点击新建
名称随意,类型为Linux,若电脑系统为Window64位,版本为Ubuntu(64-bit)
三、 配置虚拟机
四、 安装Ubuntu系统
五、 安装SPECFEM2D
打开Ubuntu系统的操作终端:
可以右击打开终端:
也可以在搜索框输入“终端”,点击“终端”可以打开:
安装git(若系统自带,这一步可忽略),在终端输入:
sudo apt-get install git
回车,然后输入第四步“安装Ubuntu系统”时设置的用户密码Password
下载SPECFEM2D软件包,在终端输入:
git clone --recursive --branch devel https://github.com/geodynamics/specfem2d.git
回车,等待SPECFEM2D软件包的下载……
建议在.bash_profile文件中添加ulimit -S -S unlimited和或在.cshrc文件中添加limit stacksize unlimited,以抑制对Unix堆栈大小的任何潜在限制。
安装vim(若系统自带,这一步可忽略),在终端输入以下命令并回车:
Sudo apt-get install vim
然后输入用户密码Password
进入bash_profile内部,在终端输入以下命令并回车:
vim .bash_profile
输入以下插入操作命令后回车:
i
在.bash_profile文件中添加ulimit -S -S unlimited,输入以下命令:
ulimit -S -s unlimited
按ESC键退出.bash_profile文件
为了保存上述插入操作并退出,输入以下命令后回车:
:wq
回车
ls -la(检查一下是否成功创建)
要为系统配置软件,运行configure shell脚本,此脚本将尝试猜测系统的适当配置值。但是,至少建议您为您的Fortran编译器明确地指定适当的命令名(另一个选项是在.bash_profile或.cshrc文件中定义FC、CC和MPIF90
安装gfortran编译器,输入以下命令并回车:
sudo apt-get install gfortran
安装g++编译器(使下面步骤的make命令有效),输入以下命令并回车:
sudo apt-get install g++
进入specfem2d文件夹,输入以下命令并回车:
cd specfem2d
输入以下命令并回车:
./configure FC=gfortran CC=gcc
如果想要并行运行,即使用多个处理器核心,那么需要输入:
./configure FC=gfortran CC=gcc MPIFC=mpif90 --with-mpi
SPECFEM2D软件包依赖于SCOTCH库对网格进行划分。SCOTCH库提供了高效的静态映射、图和网格划分例程。SCOTCH是一个免费软件包,可从网页https://gforge.inria.fr/projects/scotch/下载。
如果在系统上没有SCOTCH库,输入以下命令并回车,将配置捆绑提供的版本源代码进行编译,显式设置现有的SCOTCH安装的路径:
./configure FC=gfortran MPIFC=mpif90 --with-mpi --with-scotch-dir=/opt/scotch
查找当前目录下的Makefile文件来执行并编译所有的目标,输入以下命令并回车:
Make all
SPECFEM2D软件包安装完毕!
参考:
SPECFEM2D用户手册:https://specfem2d.readthedocs.io/en/latest/