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原创 RNAseqQC:一个用于RNA-seq数据质控评估的R包
RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包,它允许识别具有不需要的生物或技术影响的样品,并探索差异测试结果。源码:https://github.com/frederikziebell/RNAseqQC。
2024-07-01 21:41:40 902
翻译 DeepCCR:基于基因组学的大规模深度学习方法改良水稻育种
产量性状一直是水稻育种的主要关注点,本研究中感兴趣的关键性状包括抽穗期(HD)、株高(PH)、穗长(PL)、分蘖数(TN)、每穗粒数(GP)、结实率(SST)、粒长(GL)、粒宽(GW)、千粒重(TGW)和产量(Y),连续两年收集表型数据,以评估重复性并纠正数据集中的系统偏差(图1f,g )。吉庚816的HD低于当地品种的25%分位数;在HF位点,DeepCCR对Y、HD、PH、PL、GP、SSR、GL和TGW性状具有较高的基因组可预测性(63.3%–78.2%),而对TN和GW的预测性能较低(图1o)。
2024-06-29 21:26:14 94
原创 水稻株型的遗传基础与分子调控机理研究进展
20世纪30年代,Boysen和Heath通过分析叶片结构与净同化率的关系,提出了作物株型概念,明确作物生产过程中叶形和叶片数量的重要性,并进一步揭示了株型对作物生产的决定作用。随后,Donald提出有利于提高光合效率,促进作物生长发育以达高产的多性状综合的株型为理想株型。随着有关理想株型的相关研究与报道大量涌现,多种理想株型育种模式并存,这一概念逐步完善,形态特征也日渐明确。总体而言,理想。
2024-06-29 21:21:49 726
原创 发文参考 | 生信植物科学类期刊近五年影响因子分享
前几天(2024.6.20)科睿唯安发布了《期刊引证报告》,公开2023年期刊最新影响因子。更多期刊的近五年影响因子我们整理成了Excel表,可供下载查看。领取方式是关注公众号:生物信息与育种,在后台回复:IF5。当然,这里列出的不会很全面,只是关注我们自己感兴趣、或者经常接触的期刊,供大家参考,希望对各位投稿有一点作用。参与本号运营的小伙伴们基本都是生物信息、植物科学类的背景,因此我们对这类期刊近五年来的影响因子做了一个汇总。按最新IF排名,颜色深浅代表IF高低。
2024-06-29 21:02:31 313
原创 R如何输出001,002,003等序号/编号?
需求R默认带文本的编号不是按数字来排序的,这会对数据排序造成一定影响。如paste0("sample",1:10)在列中排序不是按1-100,而是按ASCII排序。> sort(paste0("sample",1:10)) [1] "sample1" "sample10" "sample2" "sample3" "sample4" "sample5"  
2022-10-17 21:16:26 1346
原创 使用transanno制作不同基因组版本坐标映射的chain 文件?
不同基因组版本的位置(坐标)对应关系,在数据分析环节经常用到。位置对应关系通常通过比对来获取,而信息一般存储在chain文件中。对于人类、小鼠等模式生物而言,UCSC已经提供了不同版本的chain文件。对于非模式生物,往往需要先自己制作chian文件,再通过ncbi的remap,UCSC的lifeover和crossmap等工具进行坐标转换。UCSC官网也提供了制作chain文件的方法。但需要parasol集群环境(需要root)。这一步的设置往往难倒了不少人,尤其是ssh localhost。最
2022-09-17 20:42:41 1527 1
illumina广告genomic-selection-in-agriculture.pdf
2021-01-20
R语言数据科学
2018-10-24
空空如也
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