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RSS订阅原创 RNAseqQC：一个用于RNA-seq数据质控评估的R包
RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包，它允许识别具有不需要的生物或技术影响的样品，并探索差异测试结果。源码：https://github.com/frederikziebell/RNAseqQC。
2024-07-01 21:41:40
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翻译 DeepCCR：基于基因组学的大规模深度学习方法改良水稻育种
产量性状一直是水稻育种的主要关注点，本研究中感兴趣的关键性状包括抽穗期（HD）、株高（PH）、穗长（PL）、分蘖数（TN）、每穗粒数（GP）、结实率（SST）、粒长（GL）、粒宽（GW）、千粒重（TGW）和产量（Y），连续两年收集表型数据，以评估重复性并纠正数据集中的系统偏差（图1f，g ）。吉庚816的HD低于当地品种的25%分位数;在HF位点，DeepCCR对Y、HD、PH、PL、GP、SSR、GL和TGW性状具有较高的基因组可预测性（63.3%–78.2%），而对TN和GW的预测性能较低（图1o）。
2024-06-29 21:26:14
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原创 水稻株型的遗传基础与分子调控机理研究进展
20世纪30年代，Boysen和Heath通过分析叶片结构与净同化率的关系，提出了作物株型概念，明确作物生产过程中叶形和叶片数量的重要性，并进一步揭示了株型对作物生产的决定作用。随后，Donald提出有利于提高光合效率，促进作物生长发育以达高产的多性状综合的株型为理想株型。随着有关理想株型的相关研究与报道大量涌现，多种理想株型育种模式并存，这一概念逐步完善，形态特征也日渐明确。总体而言，理想。
2024-06-29 21:21:49
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原创 发文参考 | 生信植物科学类期刊近五年影响因子分享
前几天（2024.6.20）科睿唯安发布了《期刊引证报告》，公开2023年期刊最新影响因子。更多期刊的近五年影响因子我们整理成了Excel表，可供下载查看。领取方式是关注公众号：生物信息与育种，在后台回复：IF5。当然，这里列出的不会很全面，只是关注我们自己感兴趣、或者经常接触的期刊，供大家参考，希望对各位投稿有一点作用。参与本号运营的小伙伴们基本都是生物信息、植物科学类的背景，因此我们对这类期刊近五年来的影响因子做了一个汇总。按最新IF排名，颜色深浅代表IF高低。
2024-06-29 21:02:31
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原创 R如何输出001,002,003等序号/编号？
需求R默认带文本的编号不是按数字来排序的，这会对数据排序造成一定影响。如paste0("sample",1:10)在列中排序不是按1-100，而是按ASCII排序。> sort(paste0("sample",1:10)) [1] "sample1" "sample10" "sample2" "sample3" "sample4" "sample5"  
2022-10-17 21:16:26
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原创 使用transanno制作不同基因组版本坐标映射的chain 文件？
不同基因组版本的位置（坐标）对应关系，在数据分析环节经常用到。位置对应关系通常通过比对来获取，而信息一般存储在chain文件中。对于人类、小鼠等模式生物而言，UCSC已经提供了不同版本的chain文件。对于非模式生物，往往需要先自己制作chian文件，再通过ncbi的remap，UCSC的lifeover和crossmap等工具进行坐标转换。UCSC官网也提供了制作chain文件的方法。但需要parasol集群环境（需要root）。这一步的设置往往难倒了不少人，尤其是ssh localhost。最
2022-09-17 20:42:41
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illumina广告genomic-selection-in-agriculture.pdf
2021-01-20
R语言数据科学
2018-10-24
空空如也
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