高效版本:计算图像分割结果评测的DICE打分,MSD,Haus Distance

该博客介绍了如何使用Python进行深度学习图像分割的评估,具体涉及DICE相似系数、平均表面距离(MSD)和95% Hausdorff距离的计算。通过加载nifti格式的图像,将像素标签转换为one-hot编码,然后计算不同类别的 Dice 指数、表面距离等指标,以衡量预测分割结果与实际分割的准确性。
摘要由CSDN通过智能技术生成
import os
from os import listdir
from os.path import join, exists, isdir
import nibabel as nib
import numpy as np
import SimpleITK
import torch
import logging
import surface_distance as surfdist

from Framework.dcm2nii import convert_rtss_to_nii_and_resample as dcm2nii
from Framework.utils import group_dict_by_value 
from Framework.dcm_info_reader import get_pred_name_map

logger = logging.getLogger(__name__)

def readnii2numpy(pre_path, gt_path):
    pre = np.array(nib.load(pre_path).dataobj)
    gt = np.array(nib.load(gt_path).dataobj)
    
    return pre, gt

# @profile
def one_hot(label, class_num):
    label = label.cpu().numpy()
    # print(f'class_num, {class_num}')
    print(f'label shape, {label.shape}')
    print(label.max(), label.min())
    print(np.unique(label))
    #one_hot = np.zeros((label.shape[0], class_num), dtype=label.dtype)
    #one_hot[np.arange(label.size), label] = 1
    # label = label > 0
    label[
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