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原创 R语言clusProfiler进行GO与KEGG富集分析
GO和KEGG富集分析的注释信息(注释包) GO常用的注释信息包 GO的注释信息主要来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息。其中包括有常见的物种,如:牛、猪、人类、小鼠等。BioconductorGO注释包https://link.zhihu.com/?target=http%3A//www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/ KEGG注释信息包 KEGG APIhttps://lin
2022-05-26 18:01:17
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原创 R语言GeneID转换
ENSG-GeneSymbol-GeneID转换读取数据##read.delim()函数读取tsv数据exp <- read.delim("TCGA-BRCA.htseq_counts.tsv",stringsAsFactors=FALSE) data=data.frame(exp)基因ID转换library(stringi)##加载包data$Ensembl_ID=stri_sub(data$Ensembl_ID,1,15)##保留前15位# 加载相关包libr..
2022-05-25 19:05:57
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原创 TCGA数据库与肿瘤数据分析(参考后整理)
R语言TCGA分析1.数据来源GDC Legacy Archive GDC Harmonized database2.barcode2.Install.packages(包安装)
2022-05-24 18:11:12
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原创 Ubuntu|我的Linux之路的开始
第一次发文,也算是开始Linux学习的一个新的里程碑。自我情况介绍,从一个医学生,再到一个科研工作者,再到一个生信爱好者,对我来说可能是始终不敢相信的事情。从最初什么都不懂的小小小小小小(……正循环)白,就算在小时候来说连开机关机都很小心的我,从没想到过要接触代码,一直从Windows开始,都把他当做一个黑箱去用。到研究生期间,受够了Windows 满天飞的弹窗,自己购买了第一台mac,从那以后,开始初步研究各种教程,也算是开始对电脑的使用有一个较常人稍微好的技术。后来才知道,Unix和Ma
2021-12-11 13:34:19
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空空如也
R导入基因名总是显示行名重复
2024-03-16
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