R语言GeneID转换

ENSG-GeneSymbol-GeneID转换

读取数据

##read.delim（）函数读取tsv数据
exp <- read.delim("TCGA-BRCA.htseq_counts.tsv",stringsAsFactors=FALSE) 
data=data.frame(exp)

基因ID转换

library(stringi)##加载包
data$Ensembl_ID=stri_sub(data$Ensembl_ID,1,15)##保留前15位

# 加载相关包
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)

# 查看org.Hs.eg.db 包提供的转换类型
keytypes(org.Hs.eg.db)

# 需要转换的Ensembl_ID
Ensembl_ID <- data$Ensembl_ID

# 采用bitr()函数进行转换
gene_symbol <- bitr(Ensembl_ID, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "ENTREZID"), OrgDb="org.Hs.eg.db")

# 查看转换的结果
head(gene_symbol)

#匹配到表达矩阵中
data=data.frame(gene_symbol,data[match(gene_symbol$ENSEMBL,data$Ensembl_ID),])

#去除重复的Ensembl_ID列
data=data[,-4]