BIOMOD2物种分布建模：从算法原理到气候变化响应预测-解析生物地理格局、预测生态响应的重要工具

在全球气候变化与生物多样性保护的交叉领域，物种分布模型（SDM）已成为解析生物地理格局、预测生态响应的重要工具。‌BIOMOD2‌作为R语言生态建模的旗舰级工具包，凭借其‌多算法集成建模、不确定性量化与空间显式预测‌三大核心优势，在《Nature Ecology & Evolution》等顶刊研究中被广泛采用。其独特价值在于：

1. ‌集成学习框架‌：支持GLM、GAM、MaxEnt、随机森林等10+算法并行计算，通过委员会加权（Ensemble Modeling）显著提升预测稳健性

2. ‌环境阈值解析‌：基于PCA-ENM方法量化物种生态位边界，精准识别关键限制因子

3. ‌迁移预测能力‌：耦合CMIP6气候情景数据，实现跨时空尺度的分布区动态推演

BIOMOD2建模全流程解析‌
‌以青藏高原特有植物塔黄（Rheum nobile）为例‌

‌▶ 数据准备与预处理‌

r

library(biomod2)
# 加载物种分布数据（GBIF清洗后72个有效位点）
DataSpecies <- read.csv("Rheum_nobile_occ.csv")
# 导入19项生物气候变量（WorldClim 2.1, 分辨率1km²）
myExpl <- stack("wc2.1_30s_bio.tif")
# 环境变量共线性诊断（保留|r|<0.7的变量）
vif_result <- vifstep(myExpl, th=7)
myExpl <- exclude(myExpl, vif_result)

‌▶ 模型参数化与校准‌

r

# 定义模型配置（4种算法+交叉验证）
myBiomodOption <- BIOMOD_ModelingOptions(
  GLM =list(type ='quadratic', interaction.level =1),
  GBM =list(n.trees =2000),
  RF =list(ntree =500),
  MAXENT.Phillips =list(path_to_maxent.jar ="/maxent/")
)

# 启动并行计算（加速5倍）
myBiomodData <- BIOMOD_FormatingData(
  resp.var = DataSpecies[,"Occurrence"],
  expl.var = myExpl,
  resp.xy = DataSpecies[,c("Longitude","Latitude")]
)

‌▶ 集成建模与评估‌

r

# 运行10次交叉验证
myBiomodModelOut <- BIOMOD_Modeling(
  myBiomodData,
  models =c('GLM','GBM','RF','MAXENT.Phillips'),
  models.options = myBiomodOption,
  NbRunEval =10,
  DataSplit =80,
  VarImport =10
)

# 构建委员会评估模型
myBiomodEM <- BIOMOD_EnsembleModeling(
  modeling.output = myBiomodModelOut,
  chosen.models ='all',
  em.by ='all',
  eval.metric =c('TSS','ROC'),
  eval.metric.quality.threshold =c(0.7,0.8)
)

# 变量重要性排序（Bio15降水季节性最敏感）
var_importance <- get_variables_importance(myBiomodEM)

‌▶ 气候变化情景预测‌

r

# 加载SSP5-8.5情景数据（2070年）
futureClimate <- stack("CMIP6_SS585_2070.tif")

# 空间显式分布概率预测
myBiomodProj <- BIOMOD_Projection(
  modeling.output = myBiomodModelOut,
  new.env = futureClimate,
  proj.name = 'SS585_2070',
  binary.meth = 'TSS'
)

# 生成迁移轨迹热力图（图2）
plot(myBiomodProj, str.grep = 'EMca')

若想深入了解学习BIOMOD2 及机器学习方法的物种分布模拟技巧，推荐阅读：
基于R语言BIOMOD2 及机器学习方法的物种分布模拟与案例分析