Rmysql

安装时注意mysql为32位，rjava也要32位。

#连接到服务器

ucscDb<-dbConnect(MySQL(),user="genome",host="genome-mysql.cse.ucsc.edu")
#获得数据库
result<-dbGetQuery(ucscDb,"show databases;")

#连接到指定数据库
hg19<-dbConnect(MySQL(),user="genome",db="hg19",host="genome-mysql.cse.ucsc.edu")
#获取表名
allTables<-dbListTables(hg19)
#获取表字段
dbListFields(hg19,"HInv")
result<-dbGetQuery(hg19,"show * from HInv;")

hinvData<-dbReadTable(hg19,"HInv")
head(hinvData)

query<-dbSendQuery(hg19,"select * from affyU133Plus2 where misMatches between 1 and 3")
affyMis<-fetch(query);
quantile(affyMis$misMatches)

affyMisSmall<-fetch(query,n=10)
dbClearResult(query)
#关闭连接
dbDisconnect(ucscDb);