1 概述
浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统,支持x86、ARM等主流架构处理器,性能和稳定性居于行业领先地位,具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力,可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接浪潮信息云峦服务器操作系统KeyarchOS_KOS服务器操作系统-浪潮信息
NAMD是一个用于生物大分子大规模分子动力学的并行软件,支持Charmm、Namd和 Amber等多种力场,由美国 Illinois 大学生物物理系和计算机系联合开发,旨在开发出高效的分子动力学并行程序,可支持 Charm++并行。目前 NAMD 还支持在 GPU加速器上的运算。NAMD 具有非常强的大规模并行计算能力,已经实现了在上千个处理器上的并行计算,对包含超过三十万个原子的大分子系统进行模拟。详细介绍见官网链接http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/。
2 安装环境
2.1 操作系统环境
版本信息:KeyarchOS 5.9
硬件平台:X86_64
2.2 工具版本
NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore-CUDA
3 安装与测试
3.1 安装namd
安装fftw:在http://www.fftw.org/download.html下载fftw安装包
将下载文件上传到服务器,解压。
进入fftw目录
执行./configure配置
执行make install编译安装
安装TCL/TK:在官网https://www.activestate.com/products/tcl/下载安装包
注册登录后下载
ActiveTcl-8.6.13.0000-x86_64-linux-glibc-2.17-3e7e97f6.tar.gz
上传至服务器并解压
进入ActiveTcl-8.6.13.0000-x86_64-linux-glibc-2.17-3e7e97f6目录
执行install.sh安装脚本
这里输入A,路径直接回车默认
安装完成
安装charm++:下载并解压最新版的charm++,执行wget https://charm.cs.illinois.edu/distrib/charm-latest.tar.gz
进入charm-v7.0.0目录
执行./build charm++ netlrts-linux-x86_64 --with-production -j4配置charm++
出现built successful即为配置完成
安装NAMD:在官网
https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=NAMD下载NAMD安装包。
下载时需要接受同意协议
下载完成后将安装包上传至服务器并解压
安装完成
3.2 使用说明
在我们解压的namd包内有自带的示例,可以找一个示例测试一下,比如我们进到/opt/NAMD_3.0b6_Linux-x86_64-multicore/lib/namdcph/examples/ace目录
可以看到ace.namd,这个就是我们可以用来测试的示例文件
执行/opt/NAMD_3.0b6_Linux-x86_64-multicore/namd3 ace.namd运行示例
需要等待一会,期间会进行大量运算
执行完成后会返回执行的结果,结果文件可在同级目录查看。