Linux提交作业需在虚拟环境中运行

虚拟环境是运行python的好方法。大部分时候我们只需配备不同的虚拟环境以满足python代码中需要的不同包。除python之外，气象相关研究中常常使用cdo、nco等工具，也可以在虚拟环境中轻松配置。

然而，当我们需要通过作业提交系统提交作业运行上述代码或相关命令时，就需要在提交脚本中配置激活虚拟环境的语言。

以PBS作业提交系统为例，其语法可以为csh或bash。需要激活虚拟环境时，在脚本中增加：

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/public/home/xxx/0.library/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/public/home/xxx/0.library/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/public/home/xxx/0.library/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/public/home/liuwenyu/0.library/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

conda activate nco

该段代码在安装anaconda成功后会在bashrc文件中出现，可以直接去copy。

之后就可以在脚本中通过conda activate命令去切换你的虚拟环境了。

如果出现“Illegal variable name.”，检查一下你的脚本首行使用的csh还是bash，修改测试一下就行。

#!/usr/bin/bash -f

终于找到了正确方法，记录一下。