Java动态规划求最长公共子序列（LCS）

最长公共子序列（LCS）

定义：在序列X和序列Y中同时出现的元素，按照脚标从小到大排列的这样的序列。

        String x = "ABCBDABGGGTT";
        String y = "BDCABATGGGTT";

x,y的最长公共子序列为BCBAGGGTT；

package shu_quan.dynamic;

import java.util.ArrayList;
/**
 * 
 * @author quan
 *777代表两个x,y序列长度相同且最长公共子序列是Xn和Yn的情况，存在相同的元素
 *444代表x,y两个序列长度不同且最长公共子序列是x和Yn-1的情况，
 *666代表x,y两个序列长度不同且最长公共子序列是Xn-1和Yn的情况，
 */

public class LongestCommonSubsequence {

	public static void main(String[] args) {

		//初始化两个字符序列
		String x1 = "ABCBDABGGGTT";
		String x2 = "BDCABATGGGTT";
		char[] x = x1.toCharArray();
		char[] y = x2.toCharArray();
		ArrayList<int[][]> ls = new ArrayList<>();
		ArrayList<int[][]> ls1 = longestCommonSubsequence(x,y,ls);
		int[][] b = ls.get(0);
		int[][] c = ls.get(1);
		//打印c矩阵
		for (int i = 0; i < c.length; i++) {
			for (int j = 0; j < c[0].length; j++) {
				System.out.print(c[i][j]+"        ");
			}
			System.out.println();
		}
		System.out.println("===================================================================");
		//打印b矩阵
		for (int i = 0; i < b.length; i++) {
			for (int j = 0; j < b[0].length; j++) {
				System.out.print(b[i][j]+"        ");
			}
			System.out.println();
		}
		
		//构造LCS
		StringBuilder sb = new StringBuilder();
		printLongestCommonSubsequence(sb,b,x,x.length,y.length);
		System.out.println(sb.toString());
	}
         /**
         重构最优解LCS
         */
	private static void printLongestCommonSubsequence(StringBuilder sb, int[][] b, char[] x, int i, int j) { 
		if(i==0 || j==0)
			return;
		//777代表两个x,y序列长度相同且最长公共子序列是Xn和Yn的情况，存在相同的元素
		if(b[i][j] == 777) {
			printLongestCommonSubsequence(sb,b,x,i-1,j-1);
			sb.append(x[i-1]);
			//444代表x,y两个序列长度不同且最长公共子序列是x和Yn-1的情况
		}else if(b[i][j] == 444) {
			printLongestCommonSubsequence(sb,b,x,i,j-1);
			//666代表x,y两个序列长度不同且最长公共子序列是Xn-1和Yn的情况
		}else{
			printLongestCommonSubsequence(sb,b,x,i-1,j);
		}
	}
        /**
         把c矩阵和b矩阵放入容器中返回容器。
          */
	private static ArrayList<int[][]> longestCommonSubsequence(char[] x, char[] y, ArrayList<int[][]> ls) {
		int m = x.length;
		int n = y.length;
		int[][] c = new int[m+1][n+1];
		int[][] b = new int[m+1][n+1];
		//c[i][j]表示xi和yi的LCS的长度，当i或者j等于0，序列的长度也为0.
		for (int i = 0; i < c.length; i++) {
			c[i][0] = 0;
		}
		for (int i = 0; i < c[0].length; i++) {
			c[0][i] = 0;
		}
		for(int i=1; i <= m; i++) {
			for(int j=1; j <=n; j++) {
				if(x[i-1] == y[j-1]) {
					c[i][j] = c[i-1][j-1] + 1;
					b[i][j] = 777;
				}else if(c[i-1][j]>=c[i][j-1]){
					c[i][j] = c[i-1][j];
					b[i][j] = 666;
				}else {
					c[i][j] = c[i][j-1];
					b[i][j] = 444;					
				}
			}
		}
		ls.add(b);
		ls.add(c);
		return ls;
	}

}

运行结果：

0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        
0        0        0        0        1        1        1        1        1        1        1        1        1        
0        1        1        1        1        2        2        2        2        2        2        2        2        
0        1        1        2        2        2        2        2        2        2        2        2        2        
0        1        1        2        2        3        3        3        3        3        3        3        3        
0        1        2        2        2        3        3        3        3        3        3        3        3        
0        1        2        2        3        3        4        4        4        4        4        4        4        
0        1        2        2        3        4        4        4        4        4        4        4        4        
0        1        2        2        3        4        4        4        5        5        5        5        5        
0        1        2        2        3        4        4        4        5        6        6        6        6        
0        1        2        2        3        4        4        4        5        6        7        7        7        
0        1        2        2        3        4        4        5        5        6        7        8        8        
0        1        2        2        3        4        4        5        5        6        7        8        9        
===================================================================
0        0            0            0            0            0            0            0            0            0            0            0            0        
0        666        666        666        777        444        777        444        444        444        444        444        444        
0        777        444        444        666        777        444        444        444        444        444        444        444        
0        666        666        777        444        666        666        666        666        666        666        666        666        
0        777        666        666        666        777        444        444        444        444        444        444        444        
0        666        777        666        666        666        666        666        666        666        666        666        666        
0        666        666        666        777        666        777        444        444        444        444        444        444        
0        777        666        666        666        777        666        666        666        666        666        666        666        
0        666        666        666        666        666        666        666        777        777        777        444        444        
0        666        666        666        666        666        666        666        777        777        777        444        444        
0        666        666        666        666        666        666        666        777        777        777        444        444        
0        666        666        666        666        666        666        777        666        666        666        777        777        
0        666        666        666        666        666        666        777        666        666        666        777        777        
BCBAGGGTT

 

C[i][j]的值为序列Xi和Yj的最长公共子序列的值。

矩阵b比较抽象：构造LCS。

以下图（来自算法导论）说明数字777,444,666的含义,代表了计算c的选择指向↖、←、↑ ，b[i][j]的指向对应计算c[i][j]时所选的子问题最优解，按照箭头的方向就能够追踪得到任意c[i][j]最长公共子序列。使用递归的方式求LCS。