天河安装Petsc详细教程

Lina_Xia

已于 2023-07-26 10:17:43 修改

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分类专栏： Petsc 文章标签： linux 运维服务器

于 2023-07-25 16:43:38 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/Lina_Xia/article/details/131921093

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安装的版本的是petsc3.18.4，其他版本有可能需要更高的配套版本，可以自己尝试。以下XXX均表示你自己的文件夹路径。

1. 相关module下载

使用module avail命令查看Python和cmake版本，选择合适版本，这两个不建议自己下，尽量用module里面的：

module load Python/3.6.10
module load cmake/3.20.2-gcc-7.5.0

然后通过version确认一下没有问题：

2. 基础包fblaslapack下载（不加这个包后续跑不了任何代码）

在petsc-3.18.4\petsc-3.18.4\config\BuildSystem\config\packages这个文件夹中，打开fblaslapack.py这个文件，可以看到所需的版本（self.gitcommit =后面）和下载地址（self.download=后面）。按照网址下载.tar.gz的压缩包之后上传到天河上就行，对压缩包可以重命名一下，改为fblaslapack.tar.gz。

3. petsc编译

下载petsc压缩包并上传解压，然后进入petsc3.18.4文件夹内编译，使用如下命令即可：

./configure --configModules=PETSc.Configure --optionsModule=config.compilerOptions --download-fblaslapack=XXX/fblaslapack.tar.gz

这里--download-fblaslapack=后面跟的是压缩包的路径，可以用pwd查看后复制粘贴过去。

4. 确认编译可用（提交作业并运行）

根据提示make XXX all, 再make XXX check就可以了，在make XXX check的时候会报一些错误，是没有关系的。我们进入petsc-3.18.4/src/snes/tutorials文件夹中，使用以下

make ex19
vim ex19.sh

打开ex19.sh后输入以下命令，以下是我的参考，-N后面跟的是使用节点数，-n跟的是使用核数，-p跟的是分区，分区后面跟的是要运行的代码，>./后面是将程序的输出日志重定向到ex19.out文件中。

#!/bin/bash
yhrun -N 1 -n 3 -p work XXX/petsc-3.18.4/src/snes/tutorials/ex19 >./ex19.out

保存后在命令行输入提交命令

yhbatch -N 1 -n 3 -p work ./ex19.sh

作业完成后vim ex19.out看到

表示一切都ok啦~

5. 后续工作

在~/.bashrc中把petsc的路径和环境配好，把下载的module命令放进去就ok了，每次登录就会自动下载了。

export PATH=XXX/petsc-3.18.4/arch-linux-c-debug/bin:$PATH
export PETSC_DIR=XXX/petsc-3.18.4
export PETSC_ARCH=arch-linux-c-debug

module load Python/3.6.10
module load cmake/3.20.2-gcc-7.5.0