PETSc遇到的一些问题（仅是个人学习的一点理解，欢迎大家指正）

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档

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问题一 ：PETSc 的make不成功

PETSc在./configure之后，运行make PETSC_DIR=安装路径/petsc-v3.19.0 PETSC_ARCH=arch-linux-c-debug all 后报错。

解决办法

直接简单粗暴地删除安装路径/petsc-v3.19.0/下的arch-linux-c-debug文件，然后重新./configure，即可解决。

./configure
意味着重新编译PETSc包里的各个文件，类似于初始化。

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问题二：ex19在子域上设置ksp迭代终止的绝对误差和相对误差失败

命令行参数 ``

mpiexec -n 4 ./ex19 -lidvelocity 100 -prandtl 0.72 -grashof 10000 -da_grid_x 64 -da_grid_y 64
-snes_type newtonls -ksp_type gmres -pc_type fieldsplit -pc_fieldsplit_type symmetric_multiplicative 
-pc_fieldsplit_block_size 4 -pc_fieldsplit_0_fields 0,1,2 -pc_fieldsplit_1_fields 3 
-fieldsplit_0_pc_type asm -fieldsplit_0_pc_asm_type restrict -fieldsplit_0_pc_asm_overlap 5 
-fieldsplit_0_sub_pc_type lu -fieldsplit_1_pc_type asm -fieldsplit_1_pc_asm_type restrict 
-fieldsplit_1_pc_asm_overlap 5 -fieldsplit_1_sub_pc_type lu  -snes_monitor -snes_converged_reason
-fieldsplit_0_ksp_atol 1e-10  -fieldsplit_1_ksp_atol 1e-10  -fieldsplit_0_ksp_rtol 1e-6 
-fieldsplit_1_ksp_rtol 1e-6

原因：这里给出PETSc官方的回信内容。

The snes options are not relevant since the parts of a PCFIELDSPLIT are always linear problems.

By default PCFIELDSPLIT uses a KSP type of preonly on each split (that is it applies the preconditioner exactly once inside the PCApply_FieldSplit() hence the -fieldsplit_*_ksp_ options are not relevent. You can use -fieldsplit_ksp_type gmres for example to have it use gmres on each of the splits, but note that then you should use -ksp_type fgmres since using gmres inside a preconditioner results in a nonlinear preconditioner.

You can always run with -ksp_view to see the solver being used and the prefixes that currently make sense.

我理解的意思大概就是由于ksp线性求解器自身有默认的type——preonly，如果不在字块上单独定义他的type，那就不能修改其atol和rtol。同时snes不能在字块上设置，因为字块上通常是线性问题，所以这里我修改了代码如下：

mpiexec -n 4 ./ex19 -lidvelocity 100 -prandtl 0.72 -grashof 10000 -da_grid_x 64 -da_grid_y 64 
-snes_type newtonls -pc_type fieldsplit -pc_fieldsplit_type symmetric_multiplicative 
-pc_fieldsplit_block_size 4 -pc_fieldsplit_0_fields 0,1,2 -pc_fieldsplit_1_fields 3 
-fieldsplit_0_pc_type asm -fieldsplit_0_pc_asm_type restrict -fieldsplit_0_pc_asm_overlap 5 
-fieldsplit_0_sub_pc_type lu -fieldsplit_1_pc_type asm -fieldsplit_1_pc_asm_type restrict 
-fieldsplit_1_pc_asm_overlap 5 -fieldsplit_1_sub_pc_type lu  -snes_monitor -snes_converged_reason 
-fieldsplit_ksp_type gmres 
-fieldsplit_0_ksp_atol 1e-10 -fieldsplit_1_ksp_atol 1e-10 
-fieldsplit_0_ksp_rtol 1e-8 -fieldsplit_1_ksp_rtol 1e-8

这样就能跑出来（因为之前在子域上设置ksp的atol和rtol时显示未使用该命令行，这次并没有报这样的信息）。同时，为了验证我们已经修改了子块上ksp的atol和rtol，我们在命令行后添加

-fieldsplit_0_ksp_view -fieldsplit_1_ksp_view
或者
-ksp_view

在输出的ksp信息中，可以看到

KSP Object: (fieldsplit_0_) 4 MPI processes
  type: gmres
    restart=30, using Classical (unmodified) Gram-Schmidt Orthogonalization with no iterative refinement
    happy breakdown tolerance 1e-30
  maximum iterations=10000, initial guess is zero
  tolerances:  relative=1e-08, absolute=1e-10, divergence=10000.
  left preconditioning
  using PRECONDITIONED norm type for convergence test

以及

KSP Object: (fieldsplit_1_) 4 MPI processes
  type: gmres
    restart=30, using Classical (unmodified) Gram-Schmidt Orthogonalization with no iterative refinement
    happy breakdown tolerance 1e-30
  maximum iterations=10000, initial guess is zero
  tolerances:  relative=1e-08, absolute=1e-10, divergence=10000.
  left preconditioning
  using PRECONDITIONED norm type for convergence test

说明字块上的迭代终止误差限修改成功。

此外，在未设置字块的KSP参数时，通过-ksp_view，可以发现在字块上默认的KSP求解器type是preonly。而当KSPType为preonly时，由于这不涉及迭代，因此迭代结束误差限和迭代计数等基本KSP参数不再适用。

KSP Object: (fieldsplit_0_) 4 MPI processes
    type: preonly
    maximum iterations=10000, initial guess is zero
    tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50, divergence=10000.
    left preconditioning
    using NONE norm type for convergence test
KSP Object: (fieldsplit_1_) 4 MPI processes
    type: preonly
    maximum iterations=10000, initial guess is zero
    tolerances:  relative=1e-05, absolute=1e-50, divergence=10000.
    left preconditioning
    using NONE norm type for convergence test

PETSc官网上关于KSPPREONLY的解释中有这样的一句话：
==This implements a method that applies ONLY the preconditioner exactly once. ==
结合后面的理解，这里要说明的是，KSPPREONLY仅做预处理，而不做迭代求解。
PETSc关于KSPPREONLY的链接: link
注
1.在解决这个问题的过程中，意外发现在命令行中输入-snes_view，不仅可以知道SNES求解器的一些配置，还可以直接得到总的线性迭代次数。（非常nice）

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问题三 tsirm.c文件的学习

1.命令行无法修改某些参数

Number of residuals for minimization （ -ksp_tsirm_size_ls）、
Maximum number of iterations for the minimization step（-ksp_tsirm_max_it_ls）、
Method used for the minimization step（-ksp_tsirm_cgls）、
Tolerance threshold for the minimization step（-ksp_tsirm_tol_ls）.

一开始我觉得：
原因是在源文件在KSPSetUp_TSIRM函数中初始化这些变量后，无法再通过命令行修改这些变量的值，一方面可能是函数调用顺序有问题，在调用命令行设置参数函数（KSPSetFromOptions_TSIRM）之后，又调用了KSPSetUp_TSIRM函数。另一方面，由于KSPSetUp_TSIRM函数的返回值被声明为static，所以这个函数是静态函数，静态函数只是在声明他的文件当中可见，不能被其他文件所用。但这跟其内部的值不能从外部更改没有关系，于是有了下面这段代码的思考

#include <stdio.h>

static int max(int *a,int *b)
{
	*a=1,*b=2;
	return (*a>*b)?*a:*b;
}

static int max1(int a,int b)
{
	a=1,b=2;
	return (a>b)?a:b;
}
int main()
{
   /* 基本事实：函数变量为指针时，在函数内部修改变量所指向的值，那么外部值会跟着改变;
   			   而当函数变量是具体的数时，在函数内部修改变量的值，外部的值不会更改 */
	int a=3,b=1;
	int c=3,d=1;
	printf("max=%d\n",max1(c,d));
	printf("c=%d,d=%d\n",c,d);
    printf("max=%d\n",max(&a,&b));
	printf("a=%d,b=%d\n",a,b);
   
   return 0;
}

/*输出结果
max=2
c=3,d=1
max=2
a=1,b=2

*/

原因还是没有找到，这里静态与否无关紧要。

解决办法

将那几个在KSPSetUp_TSIRM函数中初始化的变量放到KSPSetFromOptions_TSIRM函数中即可。或者说只要他们不出现在KSPSetUp_TSIRM函数中就可以，具体原因有待考究，反正不是static的问题。