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原创 Java中List, Set等转为相应类型的数组的简便方法lamda

//Java中List, Set等转为相应类型的数组的简便方法lamdaSet set = new HashSet        for (int i = 0; i             set.add(nums1[i]);        }现在想将set转为一个int[]数组,你可以写一个循环但可以用更优雅的方法lamda , 只需一行代码int[]

2017-05-11 15:39:13 1104

原创 根据Map的value排序

需要对Map 类型的数据根据value值进行排序,思路,将所有元素先放到List中,使用Collection接口的sort进行排序。如有String s = "abchhhhhhhhhj";Map, Integer> fre = new HashMap;int len = s.length();for (int i = 0; i ; i++) { int co

2017-05-07 01:11:19 595

原创 分布式计算:将Socket实验修改为服务端多线程程序,并测试完成

服务端:package ServerMultithreadedProgram;import java.net.ServerSocket;import java.net.Socket;public class Server { private static ServerSocket ServerSocket = null; static { try { ServerSo

2017-04-23 00:18:38 360

原创 Java声明Set时初始化

按某个范围初始化Set,可用:Set container = IntStream.range(1,len + 1).boxed().collect(Collectors.toSet());还可以使用filter进行过滤。

2017-04-18 21:21:56 2814

原创 Java装箱与拆箱的简单理解

Integer --> int 拆箱int --> Integer 装箱java数据类型的引用数据类型转为基本数据类型,拆箱。基本数据类型转为引用数据类型,装箱。引用类型有:Integer,Byte, Short, Character, Long, 还有Double, Float对应的分别为:int, byte, short, char, long, 还有double, float

2017-03-30 12:25:26 356

转载 A general recursive template

A general recursive template for backtracking may look like this: helper (parameters of given data and current recursive level) { // Handle base cases, i.e. the last level of recur

2017-03-28 01:43:29 345

原创 Converts Blast database format in FASTA format

实例,将16SMicrobial数据库转为一个reference.fa文件第一步,进入数据库目录$cd 16SMicrobial第二步,用blastdbcmd进行转换$blastdbcmd –entry all –db 16SMcrobial –out reference.fa

2016-08-11 17:19:36 496

原创 ABySS使用文档

作者:龙炎联系邮箱:1125570247@qq.com时间:2016/07/25 一.ABySS的功能分别为:  组装paired-end库(paired-endlibrary),组装多个库(multiplelibraries),             组装长距离的mate-pair库(Long-distance mate-pair libraries),Resc

2016-08-11 17:16:07 3589

原创 中山大学南方一号集群系统安装ABySS 1.9.0

作者:龙炎联系邮箱:1125570247@qq.com时间:2016/07/25 安装环境:GCC –v 4.8.2Openmpi –v 1.4.3ABySS依赖的库有:Boost, OpenMPI, sparsehash, SQLite安装AbySS之前要先安装boost, sparsehash, sqlite,下面安装示例均安装在$HOME目录下,建议安装到自己创建

2016-08-11 17:14:04 1494

原创 中山大学南方一号集群系统安装和使用NextGenMap

作者:龙炎联系邮箱:1125570247@qq.com时间:2016/08/11 安装环境:GCC –v 4.4.6安装说明第一步,下载NextGenMap-0.5.0.tar.gz$wget https://github.com/Cibiv/NextGenMap/archive/0.5.0.tar.gz第二步,解压$tar –zxvf NextGenMap-0

2016-08-11 17:10:41 989

原创 中山大学南方一号集群系统安装和使用Samtools

作者:龙炎联系邮箱:1125570247@qq.com时间:2016/08/11 安装说明第一步,下载samtools-1.3.1.tar.bz2$wgethttps://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/1.3.1/第二步,解压$tar –jxvf samtools-1.3.1.tar.bz2第三

2016-08-11 17:08:29 1580

原创 linux安装ABySS

安装环境:Ubuntu 14.04  gcc version 4.8.41.    安装openmpiLinux 下输入命令(1)获取openmpi包:wget  http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/downloads/openmpi-1.4.3.tar.bz2(2)解压:tar jxvf openmpi-1.4.3

2016-07-14 11:59:05 3119

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