中山大学南方一号集群系统安装ABySS 1.9.0

作者：龙炎

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时间：2016/07/25

 

安装环境：GCC –v 4.8.2

Openmpi –v 1.4.3

ABySS依赖的库有：Boost, OpenMPI, sparsehash, SQLite

安装AbySS之前要先安装boost, sparsehash, sqlite，下面安装示例均安装在$HOME目录下，建议安装到自己创建的目录下，将安装包解压到自己创建的目录中，再按照示例步骤操作，boost的配置不变，其他配置时--prefil=$HOME改为--prefix=/change_path_to_your_dir, 安装ABySS时，依赖sqlite的路径也要修改为安装sqlite的路径，将CPPFLAGS=-I$HOME/include里面的$HOME相应改为安装的路径。

 

第一步，安装Boost

获取包：

        $wget https://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.56.0/boost_1_56_0.tar.gz/download

解压：

    $tar –zxvf boost_1_56_0.tar.gz

进入解压后的目录：

    $cd boost_1_56_0

配置：

    $ ./bootstrap.sh--prefix=path/to/installation/prefix

安装：

    $ ./b2 install

 

第二步，安装sparsehash

获取包：

    $wgethttps://github.com/sparsehash/sparsehash/archive/sparsehash-2.0.3.tar.gz

解压：

    $ tar -zxvfsparsehash-sparsehash-2.0.3.tar.gz

进入解压后的目录：

    $ cd sparsehash-sparsehash-2.0.3

配置：

    $./configure --prefix=$HOME

编译：

    $make

安装：

    $make install

 

第三步，安装sqlite

获取包：

    $ wgethttp://www.sqlite.org/2016/sqlite-autoconf-3130000.tar.gz

解压：

    $ tar -zxvf sqlite-autoconf-3130000.tar.gz

进入解压后的目录：

    $ cd sqlite-autoconf-3130000/

配置：

    $./configure --prefix=$HOME

编译：

    $make

安装：

    $make install

 

第四步，安装ABySS

获取包：

    $ wgethttps://github.com/bcgsc/abyss/releases/download/1.9.0/abyss-1.9.0.tar.gz

解压：

    $ tar -zxvf abyss-1.9.0.tar.gz

进入解压后的目录：

    $ cd abyss-1.9.0/

配置：

要连接上已经安装在集群系统上的openmpi的库，sqlite

    $./configure --enable-maxk=96--with-mpi=/public/soft/ompi143-gnu/lib/openmpi --with-sqlite=$HOME--prefix=$HOME CPPFLAGS=-I$HOME/include

编译：

    $make

安装：

    $make install