R语言科研绘图实战 | 地表最强最全ggplot2基础绘图教程(含代码和案例)

Title: "R语言科研绘图实战 | 地表最强最全ggplot2基本绘图教程(含代码和案例)"
Author: "米地右"
Date: "2023-10-11"

ggplot2是一款强大的图形可视化R包，是R中最优雅、最美观的图形框架。其作图方式易于理解，且生成的图形精美，定制化程度高，成为R中最流行的数据可视化包。

ggplot2是一个生态系统，具有精心设计的结构，大量的附加包为ggplot2提供了更强大的功能，从更容易地更改轴标签到自动生成统计信息，再到自定义……几乎任何事情。

对于刚入学想学R语言进行科研绘图的研究生或者刚入门R语言老师，面对科研中形形色色的数据需要进行可视化展示时，可能会一头雾水，不知所措，无从下手。不知如何学习R语言科研绘图或者没有全面的R语言科研绘图学习教程，为了解决这个困惑或痛点，并更好的帮助各位小伙伴快速入门R语言科研绘图，本人整理了此地表最强最全ggplot2基本绘图教程，并附带了代码和示例，希望能够为大家提供一点儿帮助。

整理不易，如果喜欢的话，请多多点赞、收藏、转发和分享，让更多的人热爱科研。

后续会继续推出R语言科研绘图的系列教程，欢迎大家关注本公众号Med2You，也欢迎大家一起交流学习。

本绘图教程涵盖了ggplot2基本绘图，包括散点图、柱状图、箱线图、气泡图、气球图、脊线图、相关性分析图、QQ图、密度图、直方图、线图、误差条、小提琴图等。

加载所需R包及theme设定

 1# 加载本教程所需R包
 2#packages <- c("ggplot2"，"tidyverse", "ggpubr", "ggforce", "ggalt", "ggridges", "GGally", "ggcorrplot", "factoextra"，“dplyr”，“patchwork”)
 3
 4#for (package in packages) {
 5#  if (!requireNamespace(package, quietly = TRUE)) {
 6#    install.packages(package)
 7#  }
 8#}
 9library(ggplot2)
10library(patchwork)
11library(dplyr)
12library(tibble)
13library(tidyr)
14#library(tidyverse)
15#library(ggpubr)
16#library(ggforce)
17#library(ggalt)
18#library(ggridges)
19#library(GGally)
20#library(ggcorrplot)
21#library(factoextra)
22
23# 将主题功能设置theme_bw()为默认主题
24theme_set(
25  theme_bw() + 
26  theme(legend.position = "top")
27  )

Scatter plot(散点图)

绘制具有相关系数散点图。ggpubr包stat_cor()函数用于添加相关系数。

1library(ggpubr)
2p <- ggplot(mtcars, aes(mpg, wt)) +
3  geom_point() +
4  geom_smooth(method = lm) +
5  stat_cor(method = "pearson", label.x = 20)
6p

Scatter plot

Contextual zoom(可视化区域局部放大)

可视化区域局部放大。ggforce包facet_zoom()函数

1library(ggforce)
2ggplot(iris, aes(Petal.Length, Petal.Width, colour = Species)) +
3    geom_point() +
4    facet_zoom(x = Species == "versicolor")

Contextual zoom

Encircle some points(带圈环绕的散点图)

带圈环绕的散点图。ggalt包geom_encircle()函数

1# Encircle setosa group
2library(ggalt)
3library(dplyr)
4circle.df <- iris %>% filter(Species == "setosa")
5ggplot(iris, aes(Petal.Length, Petal.Width)) +
6    geom_point(aes(colour = Species)) + 
7  geom_encircle(data = circle.df, linetype = 2)

Encircle some points

jittered points(抖动散点图)

抖动散点图。geom_jitter()函数，width参数控制阈值在其原始位置周围随机抖动。

1# Basic scatter plot
2p1<-ggplot(mpg, aes(cty, hwy)) +
3  geom_point(size = 0.5)
4
5# Jittered points
6p2<-ggplot(mpg, aes(cty, hwy)) +
7  geom_jitter(size = 0.5, width = 0.5)
8p1+p2

jittered points

Create count charts to avoid overlap(创建计数图表以避免重叠)

创建计数图表以避免重叠,重叠的点越多，圆的尺寸就越大。geom_count()函数

1ggplot(mpg, aes(cty, hwy)) +
2  geom_count()

Create count charts to avoid overlap

Bubble chart(气泡图)

在气泡图中，点的大小由连续变量（此处为 qsec