使用Github Action 创建 minimap2/PROGENy的docker镜像（实操自用）

Meowbing

已于 2024-04-15 14:27:10 修改

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文章标签： github docker 容器

于 2024-03-24 20:34:14 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/Meowbing/article/details/136993955

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本文详细描述了如何使用GithubActions和Dockerfile在没有root权限的情况下，创建minimap2和PROGENy的Docker镜像，包括创建新仓库、编写Dockerfile、配置secret以及设置GitHubActions工作流。适合学习生物信息学的开发者参考。

摘要由CSDN通过智能技术生成

前言

本文不涉及相关原理，作者小白，只是记录下利用Github的Action来创建镜像的过程，防止没有root权限、自己电脑使用不了Docker的场景。作为大家学习生信过程的小小参考。

1.创建新仓库

2.准备Dockerfile文件

在新仓库的根目录下，创建名为Dockerfile的文件，因为目的是创建minimap2的容器，因此可复制以下代码到Dockerfile文件（酌情修改）：

FROM Dockerhub上你想参考的镜像

RUN apt-get update \
    && apt-get install -y git \
    && git clone https://github.com/lh3/minimap2 \
    && cd minimap2 \
    && make

WORKDIR /app

CMD ["bash"]

更多Dockerfile的构建可以参考其他大佬文章，这是最简单的例子，只能保证不会报错。

更新关于PROGENy的Dockerfile文件：

FROM 你想pull的镜像

RUN R -e 'if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")' \
    && R -e 'BiocManager::install("progeny")'



WORKDIR /app

CMD ["bash"]

BioManager是在R上运行的，因此Dockerfile相应使用了关于R语言的命令。

3.配置secret

如果要上传到你的docker hub上，需要账号密码。首先登录dockerhub，转到你的帐户设置（My Account）页面，找到 "Security" 选项。点击New Access Token应该能够生成一个新的Token。确保为此令牌授予适当的权限（Read、Write、Delete），以执行GitHub Actions 执行的操作。复制生成的 Access Token。

在你的 GitHub 仓库中，转到 Settings -> Secrets，并添加两个 Secrets：DOCKERHUB_USERNAME 和 DOCKERHUB_TOKEN，分别为你的 Docker Hub 用户名和访问令牌。

4.创建 GitHub Actions Workflow 文件

在你的 GitHub 仓库中创建一个名为 .github/workflows/main.yml 的文件，并将以下内容复制粘贴到其中（注意看，记得修改名字）：

name: Build and Push Docker Image

on:
  push:
    branches:
      - main

jobs:
  build:
    runs-on: ubuntu-latest

    steps:
      - name: Checkout Repository
        uses: actions/checkout@v4

      - name: Build Docker Image
        run: docker build -t your_dockerhub_name/minimap2 .

      - name: Login to Docker Hub
        uses: docker/login-action@v1
        with:
          username: ${{ secrets.DOCKER_USERNAME }}
          password: ${{ secrets.DOCKER_TOKEN }}

      - name: Push Docker Image to Docker Hub
        run: docker push your_dockerhub_name/minimap2

更多修改可参考Github官方文章：Workflow syntax for GitHub Actions - GitHub Docs

创建 Docker 容器操作 - GitHub 文档

在完成这一步后，如果你是在线操作，那么commit此yml文件后，可以在Action处看到正在运行的作业，点击可以查看运行进展。如果是在本地进行部署，那么推送到Github即可。