BraTS2021 + nnU-Net配置

nnUnet：https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet

BraTS2021: BRaTS 2021 Task 1 Dataset | Kaggle

apex安装

git clone https://github.com/NVIDIA/apex
cd apex
pip install -v --no-cache-dir --global-option="--cpp_ext" --global-option="--cuda_ext" ./

hiddenlayer安装

pip install --upgrade git+https://github.com/FabianIsensee/hiddenlayer.git@more_plotted_details#egg=hiddenlayer

将下载的BraTS2021数据集整理成nnU-Net所要求的格式。

除去命名规范和文件夹整理规范外，还有两个学生要注意的点。一个是标签必须连续标号（原数据集标签为0，1，2，4，需修改为0，1，2，3）。还有一个是坐标的原点对齐，需要将训练集的坐标原点设置为（0，0，