R语言-多线程并行化任务计算(分发计算任务到多个cpu内核)

R语言运行在CPU单核单线程上，提高计算效率可以通过并行包：parallel实现,该包属于base包，不需要额外安装。
parallel::mclapply 函数是 lapply 的并发版本，可以自定义进程数发挥多CPU核心的优势。“mc”代表“多核”，此函数将 lapply 任务分配到多个 CPU 内核创建多线程的形式并发执行。
线程作为进程的一个执行流，是CPU调度和分派的基本单位，它是比进程更小的能独立运行的基本单位，线程的优势是提高应用程序响应；使多CPU系统更加有效。操作系统会保证当线程数不大于CPU数目时，不同的线程运行于不同的CPU上。

###step.1创建任务环境各种变量

{
    library(Seurat);library(dplyr);set.seed(123)
    infiles <- dir(path = ".",pattern = "*_raw.rds", full.names = TRUE,recursive = T)
    scRNAlist <- lapply(infiles, readRDS)            #创建数据集list，用于并行运算,本次测试的scRNAlist包含5个数据对象
    rank_i <- bigmemory::big.matrix(1,1,init = 0)    #创建共享内存变量,该变量可被所有线程修改，本测试用此变量统计任务完成顺序
    m <- synchronicity::boost.mutex()                #创建互斥锁,防止共享内存变量被多个线程同时修改引发异常
}

###step.2并行运算任务基于parallel::mclapply函数,通过mc.cores = 3设置同时并发的任务数

parallel::mclapply(scRNAlist,function(e) {#并行迭代数据集list,每次迭代将数据集的元素传递给变量 e

    print(paste0(Sys.time(),"    ",unique(e$orig.ident)," processing>>>")) #任务提交信息
    {
        suppressWarnings({ #对每个数据集进行降维运算
            EC <- e %>% NormalizeData(verbose = F) %>% FindVariableFeatures(verbose = F) %>% ScaleData(verbose = F) %>% RunPCA(verbose = F)
        })
        
        synchronicity::lock(m) #进程锁;运行时有且只能有一个运算对共享内存变量进行修改,防止进程间同时修改变量引发异常
        rank_i[1] = rank_i[1] + 1 ; #对计序变量进行累加(统计任务完成的顺序)
        synchronicity::unlock(m)#解锁，共享内存变量可被修改
    }
    print(paste0(Sys.time(),"    ",unique(e$orig.ident)," done!","____________",rank_i[1])) #任务完成提示信息+任务完成顺序

}, mc.cores = 3,mc.preschedule = FALSE) -> tmp ; rm(tmp)


#从任务输出提示信息可以看到，并行循环开始一次性提交了3个任务(3并发)，当一个任务完成后，会迅速提交队列的其它任务进行运算饱和计算资源。
#最先提交的A-2-work任务由于数据集最小，最先完成，而最先提交的 A-4-work任务数据集较大，是第三个完成的。
[1] "2022-05-19 20:12:26    A-2-work processing>>>"
[1] "2022-05-19 20:12:26    A-3-work processing>>>"
[1] "2022-05-19 20:12:27    A-4-work processing>>>"
[1] "2022-05-19 20:12:29    A-2-work done!____________1"
[1] "2022-05-19 20:12:29    B-1-work processing>>>"
[1] "2022-05-19 20:12:45    B-1-work done!____________2"
[1] "2022-05-19 20:12:46    B-2-work processing>>>"
[1] "2022-05-19 20:13:00    A-4-work done!____________3"
[1] "2022-05-19 20:13:01    B-3-work processing>>>"
[1] "2022-05-19 20:13:04    A-3-work done!____________4"
[1] "2022-05-19 20:13:08    B-2-work done!____________5"
[1] "2022-05-19 20:13:12    B-3-work done!____________6"

###当只有一个R主进程时的任务后台

###R主进程提交多任务并行后创建的3个子线程