在做生信的时候经常要读取很大的基因表达矩阵,通常下载的时候是txt文件,文件巨大,读取就很慢。
下面比较三种方法的读取速度:
s <- Sys.time()
temp <- read.table(file = 'D:/symbol.txt', sep = '\t', header <- T, check.names = F)
e <- Sys.time()
print(e - s)
#Time difference of 2.053548 mins
D盘是我的一个老优盘,这里用了2分多钟,已经觉得有点难受了
library(ff)
s = Sys.time()
temp2 <- read.table.ffdf(file = 'D:/symbol.txt'